En réalité, les chefs religieux des communautés musulmanes et chrétiennes pourraient trouver avantageux, pour la cause de l'édification sociale et culturelle, de proposer des contre-questions aux membres de leurs congrégations ou à leurs fidèles. De plus, ils pourraient limiter les impacts corrosifs de la désinformation du Nouvel Athéisme sur les récits historiques en menant des recherches dans ce domaine. Une telle contre-question est illustrée par le fait de demander si le discours du Nouvel Athéisme est lui-même un frein à la science. Un autre exemple est le groupe Third Way of Evolution qui comprend des centaines de scientifiques proposant des idées évolutives non normatives qui sapent la synthèse néo-darwinienne moderne (voir le site web Third Way of Evolution). Dans le raisonnement présenté sur le site web, il est indiqué que le néo-darwinisme :

Realistically, religious leaders from Muslim and Christian communities may find it advantageous for the cause of social and cultural edification to propose counter-questions to congregation members or religious followers. Moreover, they may limit the corrosive impacts of New Atheist misinformation on historical narratives by conducting research into this area. Such a counter question is exemplified by asking whether New Atheist discourse is itself inhibiting to science. Another example is the Third Way of Evolution group which has hundreds of sciences consisting of non-normative evolutionary ideas which undermine the modern Neo-Darwinian synthesis (see Third Way of Evolution Website). On the website rationale, it states that neo Darwinism:

C'est clairement une science naturaliste, mais elle ignore une grande partie des preuves moléculaires contemporaines et invoque un ensemble d'hypothèses non étayées sur la nature accidentelle de la variation héréditaire. Le néodarwinisme ignore d'importants processus évolutifs rapides tels que la symbiogenèse, le transfert horizontal d'ADN, l'action de l'ADN mobile et les modifications épigénétiques. De plus, certains néodarwinistes ont élevé la sélection naturelle au rang de force créatrice unique qui résout tous les problèmes évolutifs difficiles sans base empirique réelle (The Third Way of Evolution, 2016).

Is clearly naturalistic science but ignores much contemporary molecular evidence and invokes a set of unsupported assumptions about the accidental nature of hereditary variation. NeoDarwinism ignores important rapid evolutionary processes such as symbiogenesis, horizontal DNA transfer, action of mobile DNA and epigenetic modifications. Moreover, some NeoDarwinists have elevated Natural Selection into a unique creative force that solves all the difficult evolutionary problems without a real empirical basis (The Third Way of Evolution, 2016).

En effet, l'un des cofondateurs de l'organisation, le Dr Denis Noble, est en désaccord avec Dawkins sur l'idée du gène égoïste, mais hésite à contester Dawkins sur cette question (Crace, 2008). Certains membres scientifiques de la Third Way pourraient être interprétés comme rejetant totalement le mécanisme de l'évolution darwinienne. Cela s'observe avec la proposition d'Eugene Koonin d'un « Big Bang biologique » qui suppose que « les principaux types de nouvelles formes émergent indépendamment, via un processus d'échantillonnage, du réservoir d'entités se recombinant de la génération précédente » (Koonin, 2007, p.1). À partir de cela, le Dr David Berlinsky, dans son ouvrage polémique contre Dawkins, déclare : « Transitions majeures dans l'évolution biologique », écrit Koonin :

Indeed, one of the organisation’s co-founders, Dr. Denis Noble, disagrees with Dawkins on the Selfish Gene idea but is reluctant to dispute Dawkins on the issue (Crace, 2008). Certain Third Way scientific members may be interpreted as rejecting the Darwinian evolutionary mechanism altogether. This is observed with Eugene Koonin’s proposal of a ‘biological Big Bang’ that supposes ‘the major types of new forms emerge independently, via a sampling process, from the pool of recombining entities of the preceding generation’ (Koonin, 2007, p.1). From this Dr. David Berlinsky in his polemical work against Dawkins states, ‘Major transitions in biological evolution,’ Koonin writes:

Ce sont précisément les transitions que la théorie de Darwin était censée expliquer. Si ces « transitions majeures » représentent une « émergence soudaine de nouvelles formes », la conclusion évidente à en tirer n'est pas que la nature est perverse, mais que Darwin avait tort (Berlinksy, 2009:192).

These are precisely the transitions that Darwin’s theory was intended to explain. If those “major transitions” represent a “sudden emergence of new forms,” the obvious conclusion to draw is not that nature is perverse but that Darwin was wrong (Berlinksy, 2009:192).

Un large éventail de biologistes – qui communiquent des articulations méthodologiquement naturalistes – et d'autres spécialistes sont en désaccord avec certains aspects de la théorie darwinienne, mais cela est passé sous silence par des nouveaux athées dogmatiques comme Daniel Dennett qui propose que la théorie de Darwin est « au-delà de tout doute raisonnable » (Dennett, 1995, p.11). Théoriquement, la science est basée sur l'induction et ne peut donc jamais être incorrigible, comme l'indique Dennett dans d'autres contextes, affirmant : « Notez que l'argument par le dessein dépend d'une inférence inductive : là où il y a de la fumée, il y a du feu ; et là où il y a un dessein, il y a un esprit » (Dennett, 1995, p.30). Dennett pourrait substituer les mots « arguments par le dessein » par « l'ensemble de l'entreprise darwinienne » et réfuter ainsi efficacement sa propre postulation précédente. Le dogme scientifique peut être défini comme étant plus inhibiteur pour le progrès scientifique que la religion, car il n'est pas question ici de chevauchement de magistères.

A wide array of biologists – who communicate methodologically naturalistic articulations - and other specialists disagree with aspects of Darwinian theory, but this is glossed over by dogmatic New Atheists like Daniel Dennett who proposes that Darwin’s theory is ‘beyond all reasonable doubt’ (Dennett, 1995, p.11). Theoretically, science is based on induction and can, therefore, never be incorrigible as indicated by Dennett in other contexts, stating ‘Note that the Argument from Design depends on an inductive inference: where there's smoke, there's fire; and where there's design, there's mind’ (Dennett, 1995, p.30). Dennett may substitute the words ‘arguments from design’ to ‘the entire Darwinian enterprise’ and effectively refute his own previous postulation. Scientific dogma may be defined as more inhibiting to scientific advancement than religion as there is no question of overlapping magisteria.