वास्तव में, मुस्लिम और ईसाई समुदायों के धार्मिक नेताओं के लिए सामाजिक और सांस्कृतिक शिक्षा के हित में अनुयायियों के सामने प्रति-प्रश्न रखना लाभदायक साबित हो सकता है। इसके अलावा, वे इस क्षेत्र में शोध करके न्यू एथीइज़्म की भ्रामक जानकारी के ऐतिहासिक वृत्तांतों पर पड़ने वाले विनाशकारी प्रभावों को सीमित कर सकते हैं। ऐसे एक प्रति-प्रश्न का उदाहरण यह पूछना है कि क्या स्वयं न्यू एथीइज़्म का विमर्श विज्ञान के लिए बाधक है। एक और उदाहरण "Third Way of Evolution" समूह है, जिसके पास सैकड़ों वैज्ञानिक हैं जो गैर-मानक विकासवादी विचारों का समर्थन करते हैं और जो आधुनिक नव-डार्विनवादी संश्लेषण को कमज़ोर करते हैं (देखें Third Way of Evolution वेबसाइट)। वेबसाइट के तर्क में कहा गया है कि नव-डार्विनवाद:

Realistically, religious leaders from Muslim and Christian communities may find it advantageous for the cause of social and cultural edification to propose counter-questions to congregation members or religious followers. Moreover, they may limit the corrosive impacts of New Atheist misinformation on historical narratives by conducting research into this area. Such a counter question is exemplified by asking whether New Atheist discourse is itself inhibiting to science. Another example is the Third Way of Evolution group which has hundreds of sciences consisting of non-normative evolutionary ideas which undermine the modern Neo-Darwinian synthesis (see Third Way of Evolution Website). On the website rationale, it states that neo Darwinism:

यह स्पष्ट रूप से प्राकृतिक विज्ञान है, परन्तु यह बहुत-से समकालीन आणविक साक्ष्यों की उपेक्षा करता है और आनुवंशिक विविधता की आकस्मिक प्रकृति के बारे में कुछ असमर्थित धारणाओं का सहारा लेता है। नियो-डार्विनवाद सहजीवजनन (symbiogenesis), क्षैतिज डीएनए स्थानांतरण (horizontal DNA transfer), चल डीएनए (mobile DNA) की क्रिया और एपिजेनेटिक परिवर्तन जैसी महत्वपूर्ण तीव्र विकासवादी प्रक्रियाओं को अनदेखा करता है। इसके अतिरिक्त, कुछ नियो-डार्विनवादियों ने प्राकृतिक चयन (Natural Selection) को एक अद्वितीय सृजनात्मक शक्ति बना दिया है, जो बिना किसी वास्तविक अनुभवजन्य आधार के सभी कठिन विकासवादी समस्याओं को हल कर देती है (The Third Way of Evolution, 2016)।

Is clearly naturalistic science but ignores much contemporary molecular evidence and invokes a set of unsupported assumptions about the accidental nature of hereditary variation. NeoDarwinism ignores important rapid evolutionary processes such as symbiogenesis, horizontal DNA transfer, action of mobile DNA and epigenetic modifications. Moreover, some NeoDarwinists have elevated Natural Selection into a unique creative force that solves all the difficult evolutionary problems without a real empirical basis (The Third Way of Evolution, 2016).

वास्तव में, संगठन के सह-संस्थापकों में से एक, डॉ. डेनिस नोबल, 'स्वार्थी जीन' (Selfish Gene) के विचार पर डॉकिन्स से असहमत हैं, परन्तु इस मुद्दे पर डॉकिन्स से विवाद करने में हिचकिचाते हैं (Crace, 2008)। कुछ 'तीसरे मार्ग' (Third Way) के वैज्ञानिक सदस्यों के बारे में यह समझा जा सकता है कि वे डार्विनीय विकासवादी तंत्र को पूरी तरह से अस्वीकार करते हैं। यह यूजीन कूनिन के 'जैविक बिग बैंग' (biological Big Bang) प्रस्ताव में देखा जाता है, जो मानता है कि 'नए रूपों के मुख्य प्रकार स्वतंत्र रूप से, पिछली पीढ़ी की पुनर्संयोजित होने वाली इकाइयों के समूह से एक नमूनाकरण प्रक्रिया द्वारा उभरते हैं' (Koonin, 2007, p.1)। इसी आधार पर डॉ. डेविड बर्लिंस्की, डॉकिन्स के विरुद्ध अपनी विवादास्पद कृति में कहते हैं, 'जैविक विकास में प्रमुख संक्रमण,' कूनिन लिखते हैं:

Indeed, one of the organisation’s co-founders, Dr. Denis Noble, disagrees with Dawkins on the Selfish Gene idea but is reluctant to dispute Dawkins on the issue (Crace, 2008). Certain Third Way scientific members may be interpreted as rejecting the Darwinian evolutionary mechanism altogether. This is observed with Eugene Koonin’s proposal of a ‘biological Big Bang’ that supposes ‘the major types of new forms emerge independently, via a sampling process, from the pool of recombining entities of the preceding generation’ (Koonin, 2007, p.1). From this Dr. David Berlinsky in his polemical work against Dawkins states, ‘Major transitions in biological evolution,’ Koonin writes:

ये वही संक्रमण हैं जिन्हें समझाने के लिए डार्विन का सिद्धांत बनाया गया था। यदि ये "प्रमुख संक्रमण" नए रूपों के "अचानक उदय" को दर्शाते हैं, तो इससे निकाला जाने वाला स्पष्ट निष्कर्ष यह नहीं है कि प्रकृति विकृत है, बल्कि यह है कि डार्विन ग़लत थे (Berlinksy, 2009:192)।

These are precisely the transitions that Darwin’s theory was intended to explain. If those “major transitions” represent a “sudden emergence of new forms,” the obvious conclusion to draw is not that nature is perverse but that Darwin was wrong (Berlinksy, 2009:192).

एक विस्तृत श्रेणी के जीवविज्ञानी – जो पद्धतिगत रूप से प्राकृतिकवादी अभिव्यक्तियों का संचार करते हैं – तथा अन्य विशेषज्ञ डार्विनी सिद्धांत के कुछ पहलुओं से असहमत हैं, लेकिन डेनेट जैसे कट्टर नव-नास्तिकों द्वारा इसे अनदेखा कर दिया जाता है, जो प्रस्ताव रखते हैं कि डार्विन का सिद्धांत "हर उचित संदेह से परे" है (Dennett, 1995, p.11)। सैद्धांतिक रूप से, विज्ञान आगमन पर आधारित है और इसलिए वह कभी भी अपरिवर्तनीय रूप से सही नहीं हो सकता, जैसा कि डेनेट ने अन्य संदर्भों में भी संकेत दिया है, यह कहते हुए: "ध्यान दें कि डिज़ाइन से तर्क आगमनात्मक निष्कर्ष पर निर्भर करता है: जहाँ धुआँ है, वहाँ आग है; और जहाँ डिज़ाइन है, वहाँ मन है" (Dennett, 1995, p.30)। डेनेट "डिज़ाइन से तर्क" शब्दों को "संपूर्ण डार्विनी उपक्रम" से बदल सकते हैं और इस प्रकार अपनी पूर्व की मान्यता का प्रभावी ढंग से खंडन कर सकते हैं। वैज्ञानिक कट्टरता को वैज्ञानिक प्रगति के लिए धर्म से भी अधिक बाधक परिभाषित किया जा सकता है, क्योंकि वहाँ "अतिव्यापी मैजिस्टीरिया" का कोई प्रश्न ही नहीं है।

A wide array of biologists – who communicate methodologically naturalistic articulations - and other specialists disagree with aspects of Darwinian theory, but this is glossed over by dogmatic New Atheists like Daniel Dennett who proposes that Darwin’s theory is ‘beyond all reasonable doubt’ (Dennett, 1995, p.11). Theoretically, science is based on induction and can, therefore, never be incorrigible as indicated by Dennett in other contexts, stating ‘Note that the Argument from Design depends on an inductive inference: where there's smoke, there's fire; and where there's design, there's mind’ (Dennett, 1995, p.30). Dennett may substitute the words ‘arguments from design’ to ‘the entire Darwinian enterprise’ and effectively refute his own previous postulation. Scientific dogma may be defined as more inhibiting to scientific advancement than religion as there is no question of overlapping magisteria.