Na prática, líderes religiosos das comunidades muçulmana e cristã podem considerar vantajoso, para a causa da edificação social e cultural, propor contraperguntas aos membros da congregação ou aos seguidores religiosos. Além disso, podem limitar os efeitos corrosivos da desinformação do Novo Ateísmo sobre as narrativas históricas, realizando pesquisas nessa área. Uma dessas contraperguntas é exemplificada ao perguntar se o discurso do Novo Ateísmo é, em si mesmo, prejudicial à ciência. Outro exemplo é o grupo Third Way of Evolution, que reúne centenas de cientistas que defendem ideias evolutivas não normativas, as quais colocam em xeque a síntese neodarwinista moderna (ver o site do Third Way of Evolution). Na justificativa apresentada no site, afirma-se que o neodarwinismo:

Realistically, religious leaders from Muslim and Christian communities may find it advantageous for the cause of social and cultural edification to propose counter-questions to congregation members or religious followers. Moreover, they may limit the corrosive impacts of New Atheist misinformation on historical narratives by conducting research into this area. Such a counter question is exemplified by asking whether New Atheist discourse is itself inhibiting to science. Another example is the Third Way of Evolution group which has hundreds of sciences consisting of non-normative evolutionary ideas which undermine the modern Neo-Darwinian synthesis (see Third Way of Evolution Website). On the website rationale, it states that neo Darwinism:

É claramente uma ciência naturalista, mas ignora grande parte das evidências moleculares contemporâneas e invoca um conjunto de pressupostos não comprovados sobre a natureza acidental da variação hereditária. O neodarwinismo deixa de lado processos evolutivos rápidos importantes, como a simbiogênese, a transferência horizontal de DNA, a ação do DNA móvel e as modificações epigenéticas. Além disso, alguns neodarwinistas elevaram a Seleção Natural a uma força criativa única, que resolve todos os problemas evolutivos difíceis sem uma base empírica real (The Third Way of Evolution, 2016).

Is clearly naturalistic science but ignores much contemporary molecular evidence and invokes a set of unsupported assumptions about the accidental nature of hereditary variation. NeoDarwinism ignores important rapid evolutionary processes such as symbiogenesis, horizontal DNA transfer, action of mobile DNA and epigenetic modifications. Moreover, some NeoDarwinists have elevated Natural Selection into a unique creative force that solves all the difficult evolutionary problems without a real empirical basis (The Third Way of Evolution, 2016).

De fato, um dos cofundadores da organização, Dr. Denis Noble, discorda de Dawkins quanto à ideia do Gene Egoísta, mas hesita em contestar Dawkins nessa questão (Crace, 2008). Alguns membros científicos da Terceira Via podem ser interpretados como rejeitando completamente o mecanismo evolutivo darwiniano. Isso se observa na proposta de Eugene Koonin de um "Big Bang biológico", que supõe que "os principais tipos de novas formas emergem independentemente, por meio de um processo de amostragem, a partir do conjunto de entidades recombinantes da geração anterior" (Koonin, 2007, p.1). A partir disso, o Dr. David Berlinski, em sua obra polêmica contra Dawkins, afirma: "Transições importantes na evolução biológica", escreve Koonin:

Indeed, one of the organisation’s co-founders, Dr. Denis Noble, disagrees with Dawkins on the Selfish Gene idea but is reluctant to dispute Dawkins on the issue (Crace, 2008). Certain Third Way scientific members may be interpreted as rejecting the Darwinian evolutionary mechanism altogether. This is observed with Eugene Koonin’s proposal of a ‘biological Big Bang’ that supposes ‘the major types of new forms emerge independently, via a sampling process, from the pool of recombining entities of the preceding generation’ (Koonin, 2007, p.1). From this Dr. David Berlinsky in his polemical work against Dawkins states, ‘Major transitions in biological evolution,’ Koonin writes:

Estas são precisamente as transições que a teoria de Darwin pretendia explicar. Se essas "grandes transições" representam uma "emergência repentina de novas formas", a conclusão óbvia a tirar não é que a natureza seja perversa, mas que Darwin estava errado (Berlinksy, 2009:192).

These are precisely the transitions that Darwin’s theory was intended to explain. If those “major transitions” represent a “sudden emergence of new forms,” the obvious conclusion to draw is not that nature is perverse but that Darwin was wrong (Berlinksy, 2009:192).

Um amplo conjunto de biólogos – que comunicam articulações metodologicamente naturalistas – e de outros especialistas discorda de aspectos da teoria darwiniana, mas isso é encoberto por novos ateístas dogmáticos como Daniel Dennett, que propõe que a teoria de Darwin está "além de qualquer dúvida razoável" (Dennett, 1995, p.11). Teoricamente, a ciência baseia-se na indução e, portanto, nunca pode ser incorrigível, como o próprio Dennett indica em outros contextos, ao afirmar: "Observe que o Argumento do Design depende de uma inferência indutiva: onde há fumaça, há fogo; e onde há design, há mente" (Dennett, 1995, p.30). Dennett pode substituir as palavras "argumentos do design" por "todo o empreendimento darwiniano" e, com isso, refutar efetivamente a sua própria postulação anterior. O dogma científico pode ser definido como mais inibidor do avanço científico do que a religião, uma vez que não há qualquer questão de magistérios sobrepostos.

A wide array of biologists – who communicate methodologically naturalistic articulations - and other specialists disagree with aspects of Darwinian theory, but this is glossed over by dogmatic New Atheists like Daniel Dennett who proposes that Darwin’s theory is ‘beyond all reasonable doubt’ (Dennett, 1995, p.11). Theoretically, science is based on induction and can, therefore, never be incorrigible as indicated by Dennett in other contexts, stating ‘Note that the Argument from Design depends on an inductive inference: where there's smoke, there's fire; and where there's design, there's mind’ (Dennett, 1995, p.30). Dennett may substitute the words ‘arguments from design’ to ‘the entire Darwinian enterprise’ and effectively refute his own previous postulation. Scientific dogma may be defined as more inhibiting to scientific advancement than religion as there is no question of overlapping magisteria.