বাস্তবতার নিরিখে, মুসলিম ও খ্রিস্টান সম্প্রদায়ের ধর্মীয় নেতারা সামাজিক ও সাংস্কৃতিক উন্নয়নের স্বার্থে মণ্ডলীর সদস্য বা ধর্মানুসারীদের প্রতি পাল্টা প্রশ্ন উত্থাপন করা উপকারী বলে মনে করতে পারেন। তদুপরি, এই ক্ষেত্রে গবেষণা চালিয়ে তাঁরা নব্য নাস্তিকতাবাদের ভ্রান্ত তথ্যের ক্ষতিকর প্রভাব ঐতিহাসিক বিবরণের ওপর সীমিত করতে পারেন। এমন একটি পাল্টা প্রশ্নের উদাহরণ হলো: নব্য নাস্তিক্যবাদী বক্তব্য নিজেই কি বিজ্ঞানের জন্য বাধাস্বরূপ? আরেকটি উদাহরণ হলো বিবর্তনের তৃতীয় পথ (Third Way of Evolution) দল, যার অধীনে শত শত বিজ্ঞানী রয়েছেন, যারা আধুনিক নব-ডারউইনীয় সমন্বয়কে ক্ষুণ্ণ করে এমন অপ্রচলিত বিবর্তনীয় ধারণা উপস্থাপন করেন (দেখুন: Third Way of Evolution ওয়েবসাইট)। ওয়েবসাইটের যুক্তি অনুযায়ী, তারা বলে যে নব-ডারউইনবাদ:

Realistically, religious leaders from Muslim and Christian communities may find it advantageous for the cause of social and cultural edification to propose counter-questions to congregation members or religious followers. Moreover, they may limit the corrosive impacts of New Atheist misinformation on historical narratives by conducting research into this area. Such a counter question is exemplified by asking whether New Atheist discourse is itself inhibiting to science. Another example is the Third Way of Evolution group which has hundreds of sciences consisting of non-normative evolutionary ideas which undermine the modern Neo-Darwinian synthesis (see Third Way of Evolution Website). On the website rationale, it states that neo Darwinism: