Secara realistiknya, pemimpin agama daripada komuniti Islam dan Kristian mungkin mendapati adalah berfaedah bagi tujuan pendidikan sosial dan budaya untuk mencadangkan soalan balas kepada anggota jemaah atau pengikut agama. Tambahan pula, mereka boleh mengurangkan kesan buruk salah maklumat New Atheist terhadap naratif sejarah dengan menjalankan penyelidikan dalam bidang ini. Contoh soalan balas sedemikian ialah dengan bertanya sama ada wacana New Atheist itu sendiri menghalang sains. Contoh lain ialah kumpulan Third Way of Evolution, yang mempunyai ratusan sains yang terdiri daripada idea evolusi bukan normatif yang melemahkan sintesis Neo-Darwinian moden (lihat Laman Web Third Way of Evolution). Dalam rasional laman web tersebut, dinyatakan bahawa neo-Darwinisme:

Realistically, religious leaders from Muslim and Christian communities may find it advantageous for the cause of social and cultural edification to propose counter-questions to congregation members or religious followers. Moreover, they may limit the corrosive impacts of New Atheist misinformation on historical narratives by conducting research into this area. Such a counter question is exemplified by asking whether New Atheist discourse is itself inhibiting to science. Another example is the Third Way of Evolution group which has hundreds of sciences consisting of non-normative evolutionary ideas which undermine the modern Neo-Darwinian synthesis (see Third Way of Evolution Website). On the website rationale, it states that neo Darwinism:

Adalah sains naturalistik yang jelas, tetapi mengabaikan banyak bukti molekular kontemporari dan bergantung kepada satu set andaian yang tidak disokong tentang sifat rawak secara kebetulan bagi variasi yang diwarisi. NeoDarwinisme mengabaikan proses evolusi pantas yang penting seperti simbiogenesis, pemindahan DNA mendatar, tindakan DNA mudah alih dan pengubahsuaian epigenetik. Lebih daripada itu, sesetengah penganut NeoDarwinisme telah menjadikan Seleksi Semula Jadi sebagai satu-satunya daya kreatif yang menyelesaikan segala masalah evolusi yang sukar tanpa asas empirik yang sebenar (The Third Way of Evolution, 2016).

Is clearly naturalistic science but ignores much contemporary molecular evidence and invokes a set of unsupported assumptions about the accidental nature of hereditary variation. NeoDarwinism ignores important rapid evolutionary processes such as symbiogenesis, horizontal DNA transfer, action of mobile DNA and epigenetic modifications. Moreover, some NeoDarwinists have elevated Natural Selection into a unique creative force that solves all the difficult evolutionary problems without a real empirical basis (The Third Way of Evolution, 2016).

Malah, salah seorang pengasas organisasi itu, Dr. Denis Noble, tidak bersetuju dengan Dawkins mengenai idea Selfish Gene, tetapi enggan mempertikaikan Dawkins dalam isu tersebut (Crace, 2008). Sesetengah ahli saintifik Third Way tertentu mungkin ditafsirkan sebagai menolak mekanisme evolusi Darwin sepenuhnya. Ini dapat dilihat pada cadangan Eugene Koonin tentang 'Letupan Besar biologi' yang mengandaikan bahawa 'jenis-jenis bentuk baharu yang utama muncul secara bebas, melalui proses persampelan, daripada kumpulan entiti yang bergabung semula dari generasi sebelumnya' (Koonin, 2007, hlm. 1). Daripada ini, Dr. David Berlinski dalam karya polemiknya menentang Dawkins menyatakan, 'Peralihan utama dalam evolusi biologi,' tulis Koonin:

Indeed, one of the organisation’s co-founders, Dr. Denis Noble, disagrees with Dawkins on the Selfish Gene idea but is reluctant to dispute Dawkins on the issue (Crace, 2008). Certain Third Way scientific members may be interpreted as rejecting the Darwinian evolutionary mechanism altogether. This is observed with Eugene Koonin’s proposal of a ‘biological Big Bang’ that supposes ‘the major types of new forms emerge independently, via a sampling process, from the pool of recombining entities of the preceding generation’ (Koonin, 2007, p.1). From this Dr. David Berlinsky in his polemical work against Dawkins states, ‘Major transitions in biological evolution,’ Koonin writes:

Inilah peralihan-peralihan yang sepatutnya dijelaskan oleh teori Darwin. Jika peralihan-peralihan "utama" itu mewakili "kemunculan mendadak bentuk-bentuk baharu," kesimpulan yang jelas bukanlah bahawa alam bersifat songsang, tetapi bahawa Darwin itu silap (Berlinksy, 2009:192).

These are precisely the transitions that Darwin’s theory was intended to explain. If those “major transitions” represent a “sudden emergence of new forms,” the obvious conclusion to draw is not that nature is perverse but that Darwin was wrong (Berlinksy, 2009:192).

Sejumlah besar ahli biologi, yang menyampaikan pandangan menggunakan penjelasan naturalistik secara metodologi, serta pakar-pakar lain tidak bersetuju dengan beberapa aspek teori Darwin. Namun, perkara ini diabaikan oleh golongan Ateis Baharu yang bersifat dogmatik, seperti Daniel Dennett, yang mengemukakan bahawa teori Darwin adalah ‘melampaui segala keraguan yang munasabah’ (Dennett, 1995, hlm. 11). Secara teorinya, sains berasaskan induksi dan oleh itu tidak pernah boleh menjadi mutlak tidak dapat dibetulkan, sebagaimana yang Dennett nyatakan dalam konteks lain, dengan menyatakan ‘Perhatikan bahawa Hujah daripada Reka Bentuk bergantung kepada inferens induktif: di mana ada asap, di situ ada api; dan di mana ada reka bentuk, di situ ada minda’ (Dennett, 1995, hlm. 30). Dennett boleh menggantikan perkataan ‘hujah daripada reka bentuk’ dengan ‘keseluruhan usaha Darwinan’, dan secara efektif menyangkal postulat terdahulunya sendiri. Dogma saintifik boleh ditakrifkan sebagai lebih menghalang kemajuan sains berbanding agama, kerana tiada persoalan tentang magisteria yang bertindih.

A wide array of biologists – who communicate methodologically naturalistic articulations - and other specialists disagree with aspects of Darwinian theory, but this is glossed over by dogmatic New Atheists like Daniel Dennett who proposes that Darwin’s theory is ‘beyond all reasonable doubt’ (Dennett, 1995, p.11). Theoretically, science is based on induction and can, therefore, never be incorrigible as indicated by Dennett in other contexts, stating ‘Note that the Argument from Design depends on an inductive inference: where there's smoke, there's fire; and where there's design, there's mind’ (Dennett, 1995, p.30). Dennett may substitute the words ‘arguments from design’ to ‘the entire Darwinian enterprise’ and effectively refute his own previous postulation. Scientific dogma may be defined as more inhibiting to scientific advancement than religion as there is no question of overlapping magisteria.