Gerçekçi olarak konuşursak, Müslüman ve Hristiyan cemaatlerin dini liderleri, toplumsal ve kültürel aydınlanmanın yararına, cemaat üyelerine veya dindarlara karşı-sorular yöneltmenin faydalı olabileceğini görebilirler. Ayrıca, bu alanda araştırma yürüterek Yeni Ateist yanlış bilgilerinin tarihsel anlatılar üzerindeki aşındırıcı etkisini sınırlayabilirler. Böyle bir karşı-soru, Yeni Ateist söyleminin kendisinin bilime zarar verip vermediğini sormakla örneklenebilir. Bir başka örnek ise, modern Yeni-Darwinci sentezi baltalayan normatif olmayan evrimsel fikirlere sahip yüzlerce bilim insanından oluşan Üçüncü Evrim Yolu grubudur (Üçüncü Evrim Yolu Web sitesine bakınız). Web sitesinin gerekçesinde, Yeni-Darwinciliğin şöyle olduğu belirtilmektedir:

Realistically, religious leaders from Muslim and Christian communities may find it advantageous for the cause of social and cultural edification to propose counter-questions to congregation members or religious followers. Moreover, they may limit the corrosive impacts of New Atheist misinformation on historical narratives by conducting research into this area. Such a counter question is exemplified by asking whether New Atheist discourse is itself inhibiting to science. Another example is the Third Way of Evolution group which has hundreds of sciences consisting of non-normative evolutionary ideas which undermine the modern Neo-Darwinian synthesis (see Third Way of Evolution Website). On the website rationale, it states that neo Darwinism:

Açıkça doğalcı bir bilimdir, ancak çağdaş moleküler kanıtların büyük bir kısmını göz ardı eder ve kalıtsal çeşitliliğin rastgele doğasına ilişkin bir dizi desteklenmemiş varsayıma dayanır. Yeni-Darwinizm, simbiyogenez, yatay DNA aktarımı, hareketli DNA'nın etkisi ve epigenetik değişiklikler gibi önemli hızlı evrimsel süreçleri yok sayar. Dahası, bazı Yeni-Darwinistler Doğal Seleksiyonu, ampirik bir temeli olmaksızın tüm zorlu evrimsel sorunları çözen eşsiz bir yaratıcı güce yükseltmiştir (The Third Way of Evolution, 2016).

Is clearly naturalistic science but ignores much contemporary molecular evidence and invokes a set of unsupported assumptions about the accidental nature of hereditary variation. NeoDarwinism ignores important rapid evolutionary processes such as symbiogenesis, horizontal DNA transfer, action of mobile DNA and epigenetic modifications. Moreover, some NeoDarwinists have elevated Natural Selection into a unique creative force that solves all the difficult evolutionary problems without a real empirical basis (The Third Way of Evolution, 2016).

Gerçekten de örgütün kurucularından Dr. Denis Noble, Dawkins'in Bencil Gen fikrine katılmamakta, ancak bu konuda Dawkins'e karşı çıkmaktan çekinmektedir (Crace, 2008). Üçüncü Yol'a bağlı bazı bilim insanları, Darwinci evrim mekanizmasını tümüyle reddediyor gibi yorumlanabilir. Bu durum, Eugene Koonin'in "biyolojik Büyük Patlama" önerisinde görülmektedir; Koonin, yeni biçimlerin büyük çoğunluğunun, bir önceki kuşağın birbiriyle karışan varlıklarının havuzundan, bir örnekleme süreciyle bağımsız olarak ortaya çıktığını ileri sürer (Koonin, 2007, s.1). Bundan yola çıkan Dr. David Berlinski, Dawkins'e karşı kaleme aldığı polemik çalışmasında şöyle der: "Biyolojik evrimdeki büyük geçişler," Koonin şöyle yazar:

Indeed, one of the organisation’s co-founders, Dr. Denis Noble, disagrees with Dawkins on the Selfish Gene idea but is reluctant to dispute Dawkins on the issue (Crace, 2008). Certain Third Way scientific members may be interpreted as rejecting the Darwinian evolutionary mechanism altogether. This is observed with Eugene Koonin’s proposal of a ‘biological Big Bang’ that supposes ‘the major types of new forms emerge independently, via a sampling process, from the pool of recombining entities of the preceding generation’ (Koonin, 2007, p.1). From this Dr. David Berlinsky in his polemical work against Dawkins states, ‘Major transitions in biological evolution,’ Koonin writes:

Bunlar tam da Darwin'in kuramının açıklamaya çalıştığı geçişlerdir. Eğer bu "büyük geçişler" "yeni biçimlerin ani ortaya çıkışını" temsil ediyorsa, çıkarılacak açık sonuç doğanın kötü niyetli olduğu değil, Darwin'in yanılmış olduğudur (Berlinksy, 2009:192).

These are precisely the transitions that Darwin’s theory was intended to explain. If those “major transitions” represent a “sudden emergence of new forms,” the obvious conclusion to draw is not that nature is perverse but that Darwin was wrong (Berlinksy, 2009:192).

Çok sayıda biyolog — metodolojik natüralist ifadeler kullanan biyologlar ve diğer uzmanlar — Darwinci teorinin bazı yönlerine itiraz etmektedir; ancak bu durum, Daniel Dennett gibi dogmatik Yeni Ateistler tarafından göz ardı edilmekte ve onlar Darwin'in teorisinin "makul her türlü şüphenin ötesinde" olduğunu öne sürmektedir (Dennett, 1995, s.11). Teorik olarak bilim tümevarıma dayanır ve bu nedenle hiçbir zaman düzeltilemez olamaz; nitekim Dennett başka bağlamlarda şunu belirtmiştir: 'Tasarım Argümanının tümevarımsal bir çıkarıma dayandığına dikkat edin: duman varsa ateş vardır; tasarım varsa zihin vardır' (Dennett, 1995, s.30). Dennett, 'tasarım argümanları' ifadesini 'bütün Darwinci girişim' ile değiştirebilir ve böylece kendi önceki öne sürdüğü görüşünü etkili biçimde çürütmüş olur. Bilimsel dogma, örtüşen magisteriumlar sorununun olmadığı için bilimsel ilerleme önünde dinden daha engelleyici olarak tanımlanabilir.

A wide array of biologists – who communicate methodologically naturalistic articulations - and other specialists disagree with aspects of Darwinian theory, but this is glossed over by dogmatic New Atheists like Daniel Dennett who proposes that Darwin’s theory is ‘beyond all reasonable doubt’ (Dennett, 1995, p.11). Theoretically, science is based on induction and can, therefore, never be incorrigible as indicated by Dennett in other contexts, stating ‘Note that the Argument from Design depends on an inductive inference: where there's smoke, there's fire; and where there's design, there's mind’ (Dennett, 1995, p.30). Dennett may substitute the words ‘arguments from design’ to ‘the entire Darwinian enterprise’ and effectively refute his own previous postulation. Scientific dogma may be defined as more inhibiting to scientific advancement than religion as there is no question of overlapping magisteria.