Tüm bu nüanslar göz önüne alındığında, örtüşmeyen magisteria (NOMA) ilkesinin genellenebilirliğini doğrulamak, tıpkı Yeni Ateizm'in çatışma anlayışını meşrulaştırmanın zor olması gibi, güçtür. Bu noktalarda, Hristiyan ve Müslüman din önderlerinin Yeni Ateizm'in argümanlarından haberdar olması hayati önem taşımaktadır; böylece bu argümanlara, bilim tarihini anlamayı da içeren, ancak bununla sınırlı olmayan disiplinlerarası araştırmalar yoluyla karşılık verebilirler. Bu nedenle, Yeni Ateistlerin genel nitelikteki bazı iddialarını ilk etapta değerlendirmek faydalı olabilir. Grayling, tarihin çarpıcı bir basitleştirmesini yaparak şöyle yazmaktadır:

Considering all these nuances it is difficult to affirm generalisability of NOMA (non-overlapping magisteria) just as it is difficult to legitimise the New Atheist treatment conception of conflict. On these points, it is vital that Christian and Muslim faith leaders are aware of New Atheism’s arguments, thereby allowing them to counter them through inter-disciplinary research that includes, but is not limited to, understanding the history of science. Consequently, it may be useful to initially assess some of the New Atheists’ overarching claims. In a striking oversimplification of history Grayling writes:

Bilim ile din arasındaki karmaşık ilişkinin tarihi hakkında ne düşünülürse düşünülsün, en azından bir şey açıktır: evrenin kökeni, insanın doğası ve evrenin akıllı tasarımın kanıtını taşıyıp taşımadığı konusunda bu ikisi gerçekten de hakikat için yarışmaktadır (Grayling, 2014, s.108).

Whatever else one might think about the chequered history of the relation between science and religion, at least one thing is clear: that they do indeed compete for truth about the origin of the universe, the nature of human beings and whether the universe manifests evidence of intelligent design (Grayling, 2014, p.108).

Most tarihçi, bu çatışma modelini savunulamaz buluyor. Ahmed Dallal, çeşitli örnekler üzerinden, Biruni, İbn Teymiyye ve Gazali gibi âlimlerin bilimsel çalışmalara olumlu yaklaştığını göstererek İslam adına bu görüşü savunuyor (Dallal, 2010, s. 116). Özellikle dikkat çekici olan, el-Îcî'nin şu sözünü aktarmasıdır: “Bütün (dinî) ilimler kelâmdan yararlanır, kelâm ise hiçbirinden yararlanmaz.” (Dallal, 2010, s. 118). Esasen, kelâm disiplininin tamamı Tanrı'nın varlığından hareketle başlayamazdı, zira büyük ölçüde O'nun varlığını ispatlamakla ilgiliydi. Kelâmın bazı yönlerine yöneltilen eleştirilere rağmen, yüzyıllar boyunca Müslüman kültür ve geleneğinin temel bir parçası olmayı sürdürdü. Dallal, bilimsel gerilemeyi tek bir nedenin belirlemediğini, bunun yerine Avrupa'nın hızla sömürge genişlemesi yaşadığı bir dönemde Avrupa ile yaşanan askerî çatışmalar dahil çeşitli medeniyet etkenlerine bağlandığını ileri sürüyor (Dallal, 2010, s. 152-6). Syed Nomanul Haq ise 800-1300 yılları arasında Müslüman astronomisinin teşvik edilmesinde, namaz vakitlerinin hesaplanması da dahil olmak üzere çeşitli fıkhî hususların rol oynadığına dikkat çekiyor (Haq, 2009, s. 35).

Most scientific historians consider this conflict model untenable. Using various examples, Ahmed Dallal makes this case for Islam showcasing how scholars like Al-Biruni, Ibn Taymiyyah and Al-Ghazali all had positive approaches to scientific enterprise (Dallal, 2010, p.116). Importantly, he highlights the writings of al Iji, who states, ‘All (religious) sciences draw from kalām, whereas it draws from none.’ (Dallal, 2010, p.118). Essentially, the entire Kalam discipline could not start with an assumption of God since it mostly concerned proving His existence. Despite the critique of certain aspects of Kalam, it still represented a staple part of Muslim culture and tradition throughout the centuries. Dallal argues that no single reason dictates scientific decline in the Muslim world, rather, it is attributed to a variety of civilizational factors including military confrontations with Europe at a time of rapid European colonial expansion (Dallal, 2010, p.152-6). Syed Nomanul Haq notes a range of jurisprudential considerations, including calculating prayer times, as an incentive for Muslim astronomy from the years 800-1300 (Haq, 2009, p.35).

Hıristiyanlığın, özellikle de Katolik Kilisesi'nin bilimsel ve dinî tarihi bakımından, "çatışma tezi" de artık her şeyi açıklayan bir yaklaşım olarak kabul edilebilir değildir. Galileo vakasına değinen John Hedley Brooke şunu iddia etmektedir:

Regarding the Catholic church’s (or Christianity’s) scientific and religious history, the ‘conflict theory’ is also no longer acceptable as an all-purpose explanation. Mentioning the case of Galileo, John Hedley Brooke claims:

Galileo hikâyesinin, Protestan bilim gelişimini teşvik ettiğine dair kanıtlarla birlikte ele alınması, kolayca Katolik Kilisesi'nin genel olarak bilimsel yeniliğe düşman olduğu izlenimini yaratabilir. Bu izlenim en az üç bakımdan yanlış olurdu. Birincisi, Kilise bilimlerin himayesinde kritik bir rol oynamıştı… İkincisi, Kilise içindeki Cizvit tarikatında, eğitim programlarında bilimleri öğretmeye de kendini adamış seçkin astronomlar, matematikçiler ve fizikçiler bulunuyordu. Üçüncüsü, on yedinci yüzyılın en büyük ve en etkili bilim insanlarından bazıları Katolikti. Galileo, Mersenne, Gassendi ve Descartes, doğanın mekanikleştirilmesinde öne çıkan roller oynadılar (Brooke, 2010, s.12).

The combination of the Galileo story with evidence for a Protestant stimulus to science can easily give the impression that the Catholic Church was generally hostile to scientific innovation. This impression would be false on at least three counts. First, the Church had played a crucial role in the patronage of the sciences… Second, the Jesuit order within the Church contained outstanding astronomers, mathematicians, and physicists who were also committed to teaching the sciences in their educational programs. Third, some of the greatest and most influential scientists of the seventeenth century were Catholics. Galileo, Mersenne, Gassendi, and Descartes all played prominent roles in the mechanization of nature (Brooke, 2010, p.12).

Protestantizmin (ve özellikle Puritanizmin) etkisi, önemli bir sosyolojik çalışma konusu olmuştur. Robert Merton'ın yaptığı bir araştırma, büyük ölçüde Dictionary of National Biography'den elde edilen verilere dayanıyordu; on yedinci yüzyılın önde gelen şahsiyetlerine ait 29.120 biyografiyi (diğer önemli veri kümelerinin yanı sıra) inceledi ve Puritanizmin, Merton'a göre bir tür teolojik faydacılığı teşvik ettiğini, bunun da bilimsel keşiflere bir itici güç sağladığı sonucuna vardı.

The impact of Protestantism (and Puritanism in particular) has been one of significant sociological study. One study by Robert Merton was highly dependent on data from the Dictionary of National Biography, and examined information from 29,120 biographies of notable figures in the seventeenth century (among other important data sets) concluding that Puritanism (which, to Merton, encouraged a kind of theological utilitarianism) provided an impetus for scientific discovery.

Buna göre Merton şöyle der:

Accordingly, Merton states:

Bu doğrudan yolla, din tarafından onaylanan bilim, bilimsel araştırma yapanların toplumdaki itibarını yükseltmiş ve bu tür uğraşlara duyulan ilginin yoğunlaşıp yayılmasını beraberinde getirmiştir (Merton, 2002, s.431).

In this direct fashion, religion sanctioned science raising the social estimation of those who pursued scientific investigation, with the associated intensification and spread of interest in such pursuits (Merton, 2002, p.431).

Merton, Protestan tutumu ile Katolik tutumu şu iddiayla birbirinden ayırır:

Merton distinguishes the Protestant attitude from the Catholic one by claiming:

Ingiltere'deki Püriten akademileri ile Kıta Avrupası'ndaki Protestan eğitim gelişmelerinin bu şekilde karşılaştırılması yerinde bir karşılaştırmadır. Fransa'daki Protestan akademileri, Katolik kurumlara kıyasla bilimsel ve faydacı konulara çok daha fazla önem vermiştir (Merton, 2002, s.478-9).

This comparison of the Puritan academies in England and Protestant educational developments on the Continent is well warranted. The Protestant academies in France devoted much more attention to scientific and utilitarian subjects than did the Catholic institutions (Merton, 2002, p.478-9).

Merton, bilim ilgisinin artmasına katkıda bulunan diğer faktörleri, askerî faktörler de dahil olmak üzere ele alır; özellikle balistik silahlara yönelik yeni ilgi öne çıkar (Merton, 2002, s.543).

Merton discusses other contributory factors to the increased interest in science, including military factors; especially new interest in ballistic weaponry (Merton, 2002, p.543).

Sonuç olarak, Merton tezi ile Max Weber'in *Protestan Ahlakı ve Kapitalizmin Ruhu* (2013) adlı eserindeki kuramı arasındaki benzerlik fark edilmektedir. Gerçekte, Weber'in tezine karşı ileri sürülen birçok argüman Merton'ın tezine karşı da kullanılabilir; bunlar arasında Merton'ın ya da Weber'in, Protestanlığın bir katalizör olmadan hem kapitalizmi hem de teknolojik ilerlemeyi yaşamış diğer uluslara (özellikle Japonya'ya) açıklama getirememesi yer alabilir. Merton'ın da düşündüğü gibi (Merton, 2002, s.589), Protestanlığa alternatif bir açıklama, dinsel olmayan faydacılık yoluyla (belki Locke'çu ya da Hobbes'çu bir formülasyonla) sunulabilir. Genel olarak, Protestanlığı ya da Puritanizmi bilimsel ilerlemede belirleyici bir etken olarak işaret etmek zordur; çünkü Protestanlığı (ya da Katoliklik'i) genel olarak bilimi engellemekle suçlamak da güçtür. Yeni Ateistler sıklıkla Darwin'i dönüm noktası olarak gösterir. Ancak Darwin'in doğal seleksiyon kuramı yüzünden Hristiyanlıktan döndüğüne dair hiçbir kanıt yoktur. Bu konuda James Moore şunu iddia etmektedir:

Consequently, one realises the similarity between the Merton thesis and Max Weber’s theory in the Protestant Ethic and the Spirit of Capitalism (2013). In reality, many of the arguments used against Weber’s thesis may also be used against Merton’s which may include either Merton or Weber’s inability to account for other nations (most notably Japan) which underwent both capitalism and technological advancement without Protestantism as a catalyst. One may provide an alternative explanation to Protestantism through non-religious utilitarianism (perhaps a Lockian or Hobbesian formulation), as was contemplated by Merton (Merton, 2002, p.589). Overall, it is difficult to pin-point Protestantism or Puritanism as a decisive factor in scientific progress inasmuch as it would be difficult to blame it (or Catholicism) for generally inhibiting science. New Atheists often invoke Darwin as the turning point. There is no evidence, however, that Darwin apostatised from Christianity because of his theory of natural selection. On this point, James Moore claims:

Onun kendi tanıklığına pek kulak verilmez: "Kırk yaşıma gelene kadar Hıristiyanlığı asla terk etmedim." Darwin 1849'da kırk yaşına bastı; bu, doğal seçilim yoluyla evrim teorisini geliştirmesinden çok sonraydı (Moore, 2010, s.143) ve Brooke de şöyle hemfikirdir:

His own testimony is seldom heeded: “I never gave up Christianity until I was forty years of age.” Darwin turned forty in 1849, long after developing his theory of evolution by natural selection (Moore, 2010, p.143) and Brooke agrees that:

Darwin'in inançsızlığının temel nedenleri, türlerin kökenini açıklarken doğal nedenlere verdiği rolden kaynaklanmıyordu. Diğer Victoria dönemi düşünürleri gibi Darwin de cennet ve cehennem üzerine yapılan evanjelik Hristiyan vaazlarına güçlü bir tepki gösterdi (Brooke, 2010, s.228).

The main reasons Darwin gave for his unbelief derived not from the role he gave natural causes in explaining the origin of species. Like other Victorian thinkers, Darwin reacted strongly against evangelical Christian preaching on heaven and hell (Brooke, 2010, p.228).

Origin of Species, 1859'da, Tanzimat sonrası Osmanlı döneminde yayımlanmıştır; o sırada Müslüman dünyanın büyük bölümü sömürge altındaydı. Bu nedenle bir Müslüman devletin Darwinizme verdiği tepkiyi değerlendirmek güçtür. Yine de tefsir alanında bir çatışmanın yaşandığı (ve bugün de yaşanmaya devam ettiği) açıktır.

Origin of Species was published in 1859 during the post-Tanzimaat Ottoman period when most of the Muslim world was colonised. Accordingly, it is difficult to assess a Muslim state response to Darwinism. Nevertheless, it is clear that exegetical conflict did (and continues to)

...insan evriminin boyutunda da benzer şekilde öne çıkmıştır; Hristiyan dünyasında olduğu gibi. Bu nedenle, 'bilim'in tümü ile 'din'in tümü (yalnızca iki din ele alındığında) arasında bir çatışma modeli kurmak, basitçe tarih dışıdır.

feature at least on the aspect of human evolution, similar to the Christian world. Therefore, models of conflict between all of ‘science’ and all of ‘religion’ (considering only two religions are mentioned) are simply ahistorical.