Realistisch betrachtet könnte es für religiöse Führungspersönlichkeiten aus muslimischen und christlichen Gemeinden zum Vorteil für die Sache der gesellschaftlichen und kulturellen Bildung sein, Gemeindemitgliedern oder Glaubensangehörigen Gegenfragen vorzuschlagen. Außerdem könnten sie die zersetzenden Auswirkungen der Fehlinformationen des Neuen Atheismus auf historische Narrative begrenzen, indem sie in diesem Bereich forschen. Ein solche Gegenfrage lautet beispielsweise, ob der Diskurs des Neuen Atheismus selbst die Wissenschaft behindert. Ein weiteres Beispiel ist die Gruppe „Third Way of Evolution“, der hunderte Wissenschaftler angehören und die nicht-normative evolutionäre Ideen vertreten, welche die moderne neodarwinistische Synthese untergraben (siehe Website von Third Way of Evolution). In der Begründung auf der Website heißt es, dass der Neodarwinismus:

Realistically, religious leaders from Muslim and Christian communities may find it advantageous for the cause of social and cultural edification to propose counter-questions to congregation members or religious followers. Moreover, they may limit the corrosive impacts of New Atheist misinformation on historical narratives by conducting research into this area. Such a counter question is exemplified by asking whether New Atheist discourse is itself inhibiting to science. Another example is the Third Way of Evolution group which has hundreds of sciences consisting of non-normative evolutionary ideas which undermine the modern Neo-Darwinian synthesis (see Third Way of Evolution Website). On the website rationale, it states that neo Darwinism:

Ist eindeutig naturalistische Wissenschaft, berücksichtigt jedoch viele zeitgenössische molekulare Erkenntnisse nicht und stützt sich auf eine Reihe unbelegter Annahmen über den zufälligen Charakter erblicher Variation. Der Neodarwinismus vernachlässigt wichtige schnelle evolutionäre Prozesse wie Symbiogenese, horizontalen DNA-Transfer, die Wirkung mobiler DNA und epigenetische Veränderungen. Darüber hinaus haben einige Neodarwinisten die natürliche Selektion zu einer einzigartigen schöpferischen Kraft erhoben, die alle schwierigen evolutionären Probleme löst, ohne dass dafür eine tatsächliche empirische Grundlage besteht (The Third Way of Evolution, 2016).

Is clearly naturalistic science but ignores much contemporary molecular evidence and invokes a set of unsupported assumptions about the accidental nature of hereditary variation. NeoDarwinism ignores important rapid evolutionary processes such as symbiogenesis, horizontal DNA transfer, action of mobile DNA and epigenetic modifications. Moreover, some NeoDarwinists have elevated Natural Selection into a unique creative force that solves all the difficult evolutionary problems without a real empirical basis (The Third Way of Evolution, 2016).

Tatsächlich bestreitet einer der Mitbegründer der Organisation, Dr. Denis Noble, Dawkins' Idee des egoistischen Gens, zögert jedoch, Dawkins in dieser Frage öffentlich zu widersprechen (Crace, 2008). Einige wissenschaftliche Mitglieder des Dritten Weges könnten so verstanden werden, dass sie den darwinistischen Evolutionsmechanismus insgesamt ablehnen. Dies zeigt sich bei Eugene Koonin, dessen Vorschlag eines „biologischen Urknalls“ davon ausgeht, dass „die wichtigsten Typen neuer Formen unabhängig voneinander, über einen Auswahlprozess, aus dem Pool der sich rekombinierenden Einheiten der vorangehenden Generation hervorgehen“ (Koonin, 2007, S. 1). Hierauf stützt sich Dr. David Berlinski in seiner polemischen Schrift gegen Dawkins, wenn er feststellt: „Große Übergänge in der biologischen Evolution“, schreibt Koonin:

Indeed, one of the organisation’s co-founders, Dr. Denis Noble, disagrees with Dawkins on the Selfish Gene idea but is reluctant to dispute Dawkins on the issue (Crace, 2008). Certain Third Way scientific members may be interpreted as rejecting the Darwinian evolutionary mechanism altogether. This is observed with Eugene Koonin’s proposal of a ‘biological Big Bang’ that supposes ‘the major types of new forms emerge independently, via a sampling process, from the pool of recombining entities of the preceding generation’ (Koonin, 2007, p.1). From this Dr. David Berlinsky in his polemical work against Dawkins states, ‘Major transitions in biological evolution,’ Koonin writes:

Genau diese Übergänge sollte Darwins Theorie erklären. Wenn diese „großen Übergänge“ ein „plötzliches Auftreten neuer Formen“ darstellen, dann liegt der naheliegende Schluss nicht darin, dass die Natur widersinnig ist, sondern dass Darwin sich geirrt hat (Berlinksy, 2009:192).

These are precisely the transitions that Darwin’s theory was intended to explain. If those “major transitions” represent a “sudden emergence of new forms,” the obvious conclusion to draw is not that nature is perverse but that Darwin was wrong (Berlinksy, 2009:192).

Eine breite Gruppe von Biologen, die sich methodisch-naturalistisch artikulieren, sowie andere Fachleute widersprechen Teilen der darwinschen Theorie, doch dies wird von dogmatischen Neuen Atheisten wie Daniel Dennett überdeckt, der behauptet, Darwins Theorie sei „jenseits aller vernünftigen Zweifel" (Dennett, 1995, S. 11). Theoretisch beruht die Wissenschaft auf Induktion und kann daher, wie Dennett an anderer Stelle selbst andeutet, niemals unkorrigierbar sein, wenn er schreibt: „Beachten Sie, dass das Argument aus dem Design auf einem induktiven Schluss beruht: Wo Rauch ist, ist Feuer; und wo Design ist, ist Geist" (Dennett, 1995, S. 30). Dennett könnte die Worte „Argumente aus dem Design" durch „das gesamte darwinistische Unterfangen" ersetzen und damit seine eigene frühere Behauptung wirksam widerlegen. Wissenschaftlicher Dogmatismus lässt sich als hemmender für den wissenschaftlichen Fortschritt definieren als Religion, da es hier keine Frage überlappender Magisterien gibt.

A wide array of biologists – who communicate methodologically naturalistic articulations - and other specialists disagree with aspects of Darwinian theory, but this is glossed over by dogmatic New Atheists like Daniel Dennett who proposes that Darwin’s theory is ‘beyond all reasonable doubt’ (Dennett, 1995, p.11). Theoretically, science is based on induction and can, therefore, never be incorrigible as indicated by Dennett in other contexts, stating ‘Note that the Argument from Design depends on an inductive inference: where there's smoke, there's fire; and where there's design, there's mind’ (Dennett, 1995, p.30). Dennett may substitute the words ‘arguments from design’ to ‘the entire Darwinian enterprise’ and effectively refute his own previous postulation. Scientific dogma may be defined as more inhibiting to scientific advancement than religion as there is no question of overlapping magisteria.