Realistamente, los líderes religiosos de las comunidades musulmana y cristiana pueden considerar ventajoso, en aras de la formación social y cultural, proponer contrapreguntas a los miembros de sus congregaciones o seguidores religiosos. Además, pueden limitar los efectos corrosivos de la desinformación del Nuevo Ateísmo sobre las narrativas históricas mediante la investigación en este ámbito. Un ejemplo de tal contrapregunta es preguntar si el discurso del Nuevo Ateísmo es en sí mismo un obstáculo para la ciencia. Otro ejemplo es el grupo Tercera Vía de la Evolución, que cuenta con cientos de científicos que defienden ideas evolutivas no normativas que cuestionan la síntesis neodarwiniana moderna (véase el sitio web de la Tercera Vía de la Evolución). En la justificación de su sitio web, se afirma que el neodarwinismo:

Realistically, religious leaders from Muslim and Christian communities may find it advantageous for the cause of social and cultural edification to propose counter-questions to congregation members or religious followers. Moreover, they may limit the corrosive impacts of New Atheist misinformation on historical narratives by conducting research into this area. Such a counter question is exemplified by asking whether New Atheist discourse is itself inhibiting to science. Another example is the Third Way of Evolution group which has hundreds of sciences consisting of non-normative evolutionary ideas which undermine the modern Neo-Darwinian synthesis (see Third Way of Evolution Website). On the website rationale, it states that neo Darwinism:

Es claramente una ciencia naturalista, pero ignora gran parte de la evidencia molecular contemporánea e invoca un conjunto de supuestos no respaldados sobre la naturaleza accidental de la variación hereditaria. El neodarwinismo desatiende procesos evolutivos rápidos e importantes, como la simbiogénesis, la transferencia horizontal de ADN, la acción del ADN móvil y las modificaciones epigenéticas. Además, algunos neodarwinistas han elevado la selección natural a una fuerza creadora única que resuelve todos los problemas evolutivos difíciles sin una base empírica real (The Third Way of Evolution, 2016).

Is clearly naturalistic science but ignores much contemporary molecular evidence and invokes a set of unsupported assumptions about the accidental nature of hereditary variation. NeoDarwinism ignores important rapid evolutionary processes such as symbiogenesis, horizontal DNA transfer, action of mobile DNA and epigenetic modifications. Moreover, some NeoDarwinists have elevated Natural Selection into a unique creative force that solves all the difficult evolutionary problems without a real empirical basis (The Third Way of Evolution, 2016).

De hecho, uno de los cofundadores de la organización, el Dr. Denis Noble, discrepa de Dawkins en la idea del Gen egoísta, pero se muestra reacio a discutir con Dawkins sobre este tema (Crace, 2008). Algunos miembros científicos de la Tercera Vía pueden interpretarse como si rechazaran por completo el mecanismo evolutivo darwiniano. Esto se observa en la propuesta de Eugene Koonin de un "Big Bang biológico", que supone que "los principales tipos de nuevas formas surgen de manera independiente, mediante un proceso de muestreo, a partir del conjunto de entidades que se recombinan de la generación anterior" (Koonin, 2007, p. 1). A partir de esto, el Dr. David Berlinski, en su obra polémica contra Dawkins, afirma: "Major transitions in biological evolution", escribe Koonin:

Indeed, one of the organisation’s co-founders, Dr. Denis Noble, disagrees with Dawkins on the Selfish Gene idea but is reluctant to dispute Dawkins on the issue (Crace, 2008). Certain Third Way scientific members may be interpreted as rejecting the Darwinian evolutionary mechanism altogether. This is observed with Eugene Koonin’s proposal of a ‘biological Big Bang’ that supposes ‘the major types of new forms emerge independently, via a sampling process, from the pool of recombining entities of the preceding generation’ (Koonin, 2007, p.1). From this Dr. David Berlinsky in his polemical work against Dawkins states, ‘Major transitions in biological evolution,’ Koonin writes:

Estas son precisamente las transiciones que la teoría de Darwin pretendía explicar. Si esas «grandes transiciones» representan una «aparición repentina de formas nuevas», la conclusión obvia no es que la naturaleza sea perversa, sino que Darwin estaba equivocado (Berlinksy, 2009:192).

These are precisely the transitions that Darwin’s theory was intended to explain. If those “major transitions” represent a “sudden emergence of new forms,” the obvious conclusion to draw is not that nature is perverse but that Darwin was wrong (Berlinksy, 2009:192).

Un amplio grupo de biólogos —que comunican articulaciones metodológicamente naturalistas— y otros especialistas discrepan de aspectos de la teoría darwiniana, pero esto queda disimulado por nuevos ateos dogmáticos como Daniel Dennett, quien propone que la teoría de Darwin está "más allá de toda duda razonable" (Dennett, 1995, p. 11). En teoría, la ciencia se basa en la inducción y, por tanto, nunca puede ser incorregible, como indica el propio Dennett en otros contextos, al afirmar: "Obsérvese que el argumento del diseño depende de una inferencia inductiva: donde hay humo, hay fuego; y donde hay diseño, hay mente" (Dennett, 1995, p. 30). Dennett podría sustituir las palabras "argumentos del diseño" por "toda la empresa darwiniana" y refutar así efectivamente su propia postulación anterior. El dogma científico puede definirse como más inhibidor del avance científico que la religión, ya que no hay cuestión de magisterios superpuestos.

A wide array of biologists – who communicate methodologically naturalistic articulations - and other specialists disagree with aspects of Darwinian theory, but this is glossed over by dogmatic New Atheists like Daniel Dennett who proposes that Darwin’s theory is ‘beyond all reasonable doubt’ (Dennett, 1995, p.11). Theoretically, science is based on induction and can, therefore, never be incorrigible as indicated by Dennett in other contexts, stating ‘Note that the Argument from Design depends on an inductive inference: where there's smoke, there's fire; and where there's design, there's mind’ (Dennett, 1995, p.30). Dennett may substitute the words ‘arguments from design’ to ‘the entire Darwinian enterprise’ and effectively refute his own previous postulation. Scientific dogma may be defined as more inhibiting to scientific advancement than religion as there is no question of overlapping magisteria.