واقع‌بینانه، رهبران مذهبی جوامع مسلمان و مسیحی ممکن است پیشنهاد پرسش‌های متقابل به اعضای جماعت یا پیروان مذهبی خود را برای هدف آموزش اجتماعی و فرهنگی مفید بیابند. افزون بر این، آنان می‌توانند با انجام پژوهش در این زمینه، از آسیب‌های مخرب اطلاعات نادرست آتئیسم نوین بر روایت‌های تاریخی بکاهند. نمونه‌ی چنین پرسش متقابلی این است که بپرسیم آیا گفتمان آتئیسم نوین خود مانعی برای علم است. نمونه‌ی دیگر، گروه «راه سوم تکامل» است که صدها دانشمند دارد و ایده‌های تکاملی غیرهنجاری را مطرح می‌کند که ترکیب نوداروینی امروزی را زیر سؤال می‌برند (به وب‌سایت راه سوم تکامل مراجعه شود). در توضیح مبانی این وب‌سایت آمده است که نوداروینیسم:

Realistically, religious leaders from Muslim and Christian communities may find it advantageous for the cause of social and cultural edification to propose counter-questions to congregation members or religious followers. Moreover, they may limit the corrosive impacts of New Atheist misinformation on historical narratives by conducting research into this area. Such a counter question is exemplified by asking whether New Atheist discourse is itself inhibiting to science. Another example is the Third Way of Evolution group which has hundreds of sciences consisting of non-normative evolutionary ideas which undermine the modern Neo-Darwinian synthesis (see Third Way of Evolution Website). On the website rationale, it states that neo Darwinism:

به‌وضوح علمِ طبیعت‌گرایانه است، اما بسیاری از شواهد مولکولیِ معاصر را نادیده می‌گیرد و مجموعه‌ای از فرض‌های بدون پشتوانه دربارهٔ ماهیت تصادفیِ تنوعِ وراثتی را مفروض می‌گیرد. نئو‌داروینیسم فرایندهای تکاملیِ سریعِ مهمی چون همزیست‌زایی (symbiogenesis)، انتقالِ افقیِ DNA، عملکردِ DNAِ متحرک و تغییرات اپی‌ژنتیکی را نادیده می‌گیرد. افزون بر این، برخی نئو‌داروینیست‌ها گزینشِ طبیعی را به نیرویی خلاقِ یگانه ارتقا داده‌اند که همهٔ مسائل دشوارِ تکامل را بدون پشتوانهٔ تجربیِ واقعی حل می‌کند (راهِ سوم تکامل، ۲۰۱۶).

Is clearly naturalistic science but ignores much contemporary molecular evidence and invokes a set of unsupported assumptions about the accidental nature of hereditary variation. NeoDarwinism ignores important rapid evolutionary processes such as symbiogenesis, horizontal DNA transfer, action of mobile DNA and epigenetic modifications. Moreover, some NeoDarwinists have elevated Natural Selection into a unique creative force that solves all the difficult evolutionary problems without a real empirical basis (The Third Way of Evolution, 2016).

در واقع، یکی از بنیان‌گذاران این سازمان، دکتر دنیس نوبل، با ایدهٔ «ژن خودخواه» داوکینز مخالف است، اما از اختلاف‌نظر علنی با داوکینز در این موضوع پرهیز می‌کند (کریس، ۲۰۰۸). برخی از اعضای علمی «راه سوم» ممکن است چنان تفسیر شوند که گویی مکانیسم تکاملی داروینی را یکسره رد می‌کنند. این موضع در پیشنهاد eugene koonin دیده می‌شود، یعنی «انفجار بزرگ زیستی» که فرض می‌کند «انواع عمدهٔ اشکال تازه، مستقل از یکدیگر و از طریق یک فرایند نمونه‌برداری، از مجموعهٔ موجودات ترکیب‌شوندهٔ نسل پیشین پدید می‌آیند» (کونین، ۲۰۰۷، ص ۱). بر همین اساس، دکتر دیوید برلینسکی در اثر جدلی خود علیه داوکینز می‌گوید: «گذارهای عمدهٔ در تکامل زیستی،» کونین می‌نویسد:

Indeed, one of the organisation’s co-founders, Dr. Denis Noble, disagrees with Dawkins on the Selfish Gene idea but is reluctant to dispute Dawkins on the issue (Crace, 2008). Certain Third Way scientific members may be interpreted as rejecting the Darwinian evolutionary mechanism altogether. This is observed with Eugene Koonin’s proposal of a ‘biological Big Bang’ that supposes ‘the major types of new forms emerge independently, via a sampling process, from the pool of recombining entities of the preceding generation’ (Koonin, 2007, p.1). From this Dr. David Berlinsky in his polemical work against Dawkins states, ‘Major transitions in biological evolution,’ Koonin writes:

این همان گذارهایی است که نظریهٔ داروین قرار بود توضیح دهد. اگر این «گذارهای عمده» نشانگر «ظهور ناگهانی شکل‌های نو» باشند، نتیجهٔ بدیهی این نیست که طبیعت بدسرشت است، بلکه این است که داروین اشتباه کرده بود (برلینسکی، ۲۰۰۹: ۱۹۲).

These are precisely the transitions that Darwin’s theory was intended to explain. If those “major transitions” represent a “sudden emergence of new forms,” the obvious conclusion to draw is not that nature is perverse but that Darwin was wrong (Berlinksy, 2009:192).

بسیاری از زیست‌شناسان و دیگر متخصصان که با زبانی روش‌مندانه طبیعت‌گرایانه سخن می‌گویند، با جنبه‌هایی از نظریه داروینی مخالف‌اند، اما این اختلاف‌ها توسط نواتئیست‌های جزم‌گرایی چون دنیل دنت نادیده گرفته می‌شود؛ دنت معتقد است که نظریه داروین «فراتر از هر شک معقولی» است (Dennett, 1995, p.11). از نظر نظری، علم بر پایه استقرا استوار است و به همین دلیل هرگز نمی‌تواند تصحیح‌ناپذیر باشد، چنان‌که خود دنت در بافتی دیگر بیان کرده است: «توجه داشته باشید که استدلال از طراحی بر یک استنتاج استقرایی تکیه دارد: جایی که دود هست، آتش هست؛ و جایی که طراحی هست، ذهن هست» (Dennett, 1995, p.30). دنت می‌تواند عبارت «استدلال‌های طراحی» را به «کل پروژه داروینی» تبدیل کند و در عمل، فرضیه پیشین خود را رد کند. می‌توان گفت که جزم‌گرایی علمی، از آنجا که جایی برای هم‌پوشانی مرجعیت‌ها (overlapping magisteria) باقی نمی‌گذارد، بازدارنده‌تر از دین برای پیشرفت علمی است.

A wide array of biologists – who communicate methodologically naturalistic articulations - and other specialists disagree with aspects of Darwinian theory, but this is glossed over by dogmatic New Atheists like Daniel Dennett who proposes that Darwin’s theory is ‘beyond all reasonable doubt’ (Dennett, 1995, p.11). Theoretically, science is based on induction and can, therefore, never be incorrigible as indicated by Dennett in other contexts, stating ‘Note that the Argument from Design depends on an inductive inference: where there's smoke, there's fire; and where there's design, there's mind’ (Dennett, 1995, p.30). Dennett may substitute the words ‘arguments from design’ to ‘the entire Darwinian enterprise’ and effectively refute his own previous postulation. Scientific dogma may be defined as more inhibiting to scientific advancement than religion as there is no question of overlapping magisteria.