Secara realistis, para pemimpin agama dari komunitas Muslim dan Kristen mungkin mendapati bahwa mengajukan pertanyaan balik kepada anggota jemaat atau pengikut agama mereka berguna bagi tujuan pencerahan sosial dan budaya. Selain itu, mereka dapat membatasi dampak merusak dari misinformasi Ateisme Baru terhadap narasi sejarah dengan melakukan penelitian di bidang ini. Contoh pertanyaan balik semacam itu adalah menanyakan apakah wacana Ateisme Baru itu sendiri justru menghambat ilmu pengetahuan. Contoh lain adalah kelompok Third Way of Evolution, yang memiliki ratusan ilmuwan dengan gagasan evolusi non-normatif yang meruntuhkan sintesis Neo-Darwinian modern (lihat Situs Web Third Way of Evolution). Pada rasional situs web tersebut, disebutkan bahwa neo-Darwinisme:

Realistically, religious leaders from Muslim and Christian communities may find it advantageous for the cause of social and cultural edification to propose counter-questions to congregation members or religious followers. Moreover, they may limit the corrosive impacts of New Atheist misinformation on historical narratives by conducting research into this area. Such a counter question is exemplified by asking whether New Atheist discourse is itself inhibiting to science. Another example is the Third Way of Evolution group which has hundreds of sciences consisting of non-normative evolutionary ideas which undermine the modern Neo-Darwinian synthesis (see Third Way of Evolution Website). On the website rationale, it states that neo Darwinism:

Jelas merupakan sains naturalistik, tetapi mengabaikan banyak bukti molekuler kontemporer dan bergantung pada sejumlah asumsi yang tidak didukung mengenai sifat acak dari variasi yang diwariskan. NeoDarwinisme mengabaikan proses evolusi cepat yang penting, seperti simbiogenesis, transfer DNA horizontal, aksi DNA bergerak, dan modifikasi epigenetik. Selain itu, sebagian kaum NeoDarwinis telah menjadikan Seleksi Alam sebagai kekuatan kreatif yang unik, yang memecahkan semua persoalan evolusi yang sulit tanpa dasar empiris yang nyata (The Third Way of Evolution, 2016).

Is clearly naturalistic science but ignores much contemporary molecular evidence and invokes a set of unsupported assumptions about the accidental nature of hereditary variation. NeoDarwinism ignores important rapid evolutionary processes such as symbiogenesis, horizontal DNA transfer, action of mobile DNA and epigenetic modifications. Moreover, some NeoDarwinists have elevated Natural Selection into a unique creative force that solves all the difficult evolutionary problems without a real empirical basis (The Third Way of Evolution, 2016).

Memang, salah satu co-founder organisasi tersebut, Dr. Denis Noble, tidak sependapat dengan Dawkins mengenai gagasan Selfish Gene, tetapi enggan membantah Dawkins dalam persoalan itu (Crace, 2008). Beberapa anggota ilmiah Third Way tertentu dapat ditafsirkan sebagai menolak mekanisme evolusi Darwinian sama sekali. Hal ini terlihat pada usulan Eugene Koonin tentang 'Big Bang biologis', yang mengandaikan bahwa 'tipe-tipe bentuk baru yang besar muncul secara independen, melalui proses pengambilan sampel, dari kumpulan entitas yang saling berekombinasi pada generasi sebelumnya' (Koonin, 2007, hlm. 1). Dari sini Dr. David Berlinski dalam karya polemiknya terhadap Dawkins menyatakan, 'Transisi besar dalam evolusi biologis,' tulis Koonin:

Indeed, one of the organisation’s co-founders, Dr. Denis Noble, disagrees with Dawkins on the Selfish Gene idea but is reluctant to dispute Dawkins on the issue (Crace, 2008). Certain Third Way scientific members may be interpreted as rejecting the Darwinian evolutionary mechanism altogether. This is observed with Eugene Koonin’s proposal of a ‘biological Big Bang’ that supposes ‘the major types of new forms emerge independently, via a sampling process, from the pool of recombining entities of the preceding generation’ (Koonin, 2007, p.1). From this Dr. David Berlinsky in his polemical work against Dawkins states, ‘Major transitions in biological evolution,’ Koonin writes:

Inilah tepat transisi-transisi yang dimaksudkan untuk dijelaskan oleh teori Darwin. Jika "transisi besar" itu merepresentasikan "kemunculan mendadak bentuk-bentuk baru," kesimpulan yang jelas bukanlah bahwa alam itu jahat, melainkan bahwa Darwin keliru (Berlinksy, 2009:192).

These are precisely the transitions that Darwin’s theory was intended to explain. If those “major transitions” represent a “sudden emergence of new forms,” the obvious conclusion to draw is not that nature is perverse but that Darwin was wrong (Berlinksy, 2009:192).

Sejumlah besar ahli biologi, yang menyampaikan artikulasi naturalistik secara metodologis, serta spesialis lainnya, tidak sepakat dengan beberapa aspek teori Darwin, tetapi hal ini diabaikan oleh kaum Ateis Baru yang dogmatis seperti Daniel Dennett, yang menyatakan bahwa teori Darwin adalah "di luar keraguan yang beralasan" (Dennett, 1995, hlm. 11). Secara teoretis, sains didasarkan pada induksi dan, oleh karena itu, tidak pernah bisa bersifat tidak dapat dikoreksi, sebagaimana ditunjukkan Dennett dalam konteks lain, dengan menyatakan "Perhatikan bahwa Argumen dari Desain bergantung pada inferensi induktif: di mana ada asap, di sana ada api; dan di mana ada desain, di sana ada pikiran" (Dennett, 1995, hlm. 30). Dennett dapat mengganti frasa "argumen dari desain" dengan "seluruh proyek Darwinian", dan dengan demikian secara efektif menyangkal proposisinya sendiri sebelumnya. Dogma ilmiah dapat didefinisikan sebagai lebih menghambat kemajuan ilmiah daripada agama, karena tidak ada persoalan tentang tumpang tindih magisteria.

A wide array of biologists – who communicate methodologically naturalistic articulations - and other specialists disagree with aspects of Darwinian theory, but this is glossed over by dogmatic New Atheists like Daniel Dennett who proposes that Darwin’s theory is ‘beyond all reasonable doubt’ (Dennett, 1995, p.11). Theoretically, science is based on induction and can, therefore, never be incorrigible as indicated by Dennett in other contexts, stating ‘Note that the Argument from Design depends on an inductive inference: where there's smoke, there's fire; and where there's design, there's mind’ (Dennett, 1995, p.30). Dennett may substitute the words ‘arguments from design’ to ‘the entire Darwinian enterprise’ and effectively refute his own previous postulation. Scientific dogma may be defined as more inhibiting to scientific advancement than religion as there is no question of overlapping magisteria.