Mengingat semua nuansa ini, sulit untuk menegaskan keberlakuan umum dari NOMA (non-overlapping magisteria) sebagaimana sulit untuk membenarkan konsepsi konflik dari New Atheism. Atas poin-poin ini, sangat penting bagi para pemimpin agama Kristen dan Islam untuk menyadari argumen-argumen New Atheism, sehingga mereka dapat menanggapinya melalui penelitian interdisipliner yang mencakup, tetapi tidak terbatas pada, pemahaman tentang sejarah sains. Oleh karena itu, mungkin berguna untuk terlebih dahulu menilai beberapa klaim menyeluruh dari para New Atheist. Dalam penyederhanaan sejarah yang mencolok, Grayling menulis:

Considering all these nuances it is difficult to affirm generalisability of NOMA (non-overlapping magisteria) just as it is difficult to legitimise the New Atheist treatment conception of conflict. On these points, it is vital that Christian and Muslim faith leaders are aware of New Atheism’s arguments, thereby allowing them to counter them through inter-disciplinary research that includes, but is not limited to, understanding the history of science. Consequently, it may be useful to initially assess some of the New Atheists’ overarching claims. In a striking oversimplification of history Grayling writes:

Terlepas dari apa pun yang orang pikirkan tentang sejarah hubungan antara sains dan agama yang penuh liku, setidaknya ada satu hal yang jelas: keduanya memang bersaing dalam mencari kebenaran tentang asal-usul alam semesta, hakikat manusia, dan apakah alam semesta menampakkan bukti adanya desain yang cerdas (Grayling, 2014, hlm. 108).

Whatever else one might think about the chequered history of the relation between science and religion, at least one thing is clear: that they do indeed compete for truth about the origin of the universe, the nature of human beings and whether the universe manifests evidence of intelligent design (Grayling, 2014, p.108).

Sebagian besar sejarawan ilmu pengetahuan menganggap model konflik ini tidak dapat dipertahankan. Dengan berbagai contoh, Ahmed Dallal memaparkan kasus ini untuk Islam dengan menunjukkan bagaimana para ulama seperti Al-Biruni, Ibn Taymiyyah, dan Al-Ghazali semuanya memiliki pendekatan yang positif terhadap upaya ilmiah (Dallal, 2010, hlm. 116). Yang penting, ia menyoroti tulisan al-Iji, yang menyatakan, ‘Semua ilmu (keagamaan) bersumber dari kalām, sedangkan kalām tidak bersumber dari ilmu mana pun.’ (Dallal, 2010, hlm. 118). Pada dasarnya, seluruh disiplin ilmu kalam tidak mungkin dimulai dengan asumsi tentang Tuhan, karena sebagian besar isinya berkaitan dengan pembuktian keberadaan-Nya. Meskipun ada kritik terhadap aspek-aspek tertentu dari kalam, disiplin ini tetap menjadi bagian pokok dari budaya dan tradisi Muslim sepanjang berabad-abad. Dallal berpendapat bahwa tidak ada satu alasan tunggal yang menentukan kemunduran ilmu pengetahuan di dunia Muslim; sebaliknya, hal itu disebabkan oleh berbagai faktor peradaban, termasuk konfrontasi militer dengan Eropa pada masa ketika ekspansi kolonial Eropa berlangsung pesat (Dallal, 2010, hlm. 152-6). Syed Nomanul Haq mencatat berbagai pertimbangan yurisprudensi, termasuk penghitungan waktu salat, sebagai pendorong bagi ilmu astronomi Muslim pada rentang tahun 800-1300 (Haq, 2009, hlm. 35).

Most scientific historians consider this conflict model untenable. Using various examples, Ahmed Dallal makes this case for Islam showcasing how scholars like Al-Biruni, Ibn Taymiyyah and Al-Ghazali all had positive approaches to scientific enterprise (Dallal, 2010, p.116). Importantly, he highlights the writings of al Iji, who states, ‘All (religious) sciences draw from kalām, whereas it draws from none.’ (Dallal, 2010, p.118). Essentially, the entire Kalam discipline could not start with an assumption of God since it mostly concerned proving His existence. Despite the critique of certain aspects of Kalam, it still represented a staple part of Muslim culture and tradition throughout the centuries. Dallal argues that no single reason dictates scientific decline in the Muslim world, rather, it is attributed to a variety of civilizational factors including military confrontations with Europe at a time of rapid European colonial expansion (Dallal, 2010, p.152-6). Syed Nomanul Haq notes a range of jurisprudential considerations, including calculating prayer times, as an incentive for Muslim astronomy from the years 800-1300 (Haq, 2009, p.35).

Mengenai sejarah ilmiah dan keagamaan gereja Katolik (atau Kekristenan), 'teori konflik' juga tidak lagi dapat diterima sebagai penjelasan serba guna. Dengan menyebut kasus Galileo, John Hedley Brooke menyatakan bahwa

Regarding the Catholic church’s (or Christianity’s) scientific and religious history, the ‘conflict theory’ is also no longer acceptable as an all-purpose explanation. Mentioning the case of Galileo, John Hedley Brooke claims:

Kombinasi kisah Galileo dengan bukti adanya dorongan Protestan terhadap ilmu pengetahuan dapat dengan mudah menimbulkan kesan bahwa Gereja Katolik secara umum memusuhi inovasi ilmiah. Kesan ini keliru setidaknya dalam tiga hal. Pertama, Gereja telah memainkan peran penting dalam mendukung ilmu pengetahuan… Kedua, ordo Jesuit di dalam Gereja memuat para astronom, matematikawan, dan fisikawan terkemuka yang juga berkomitmen untuk mengajarkan ilmu pengetahuan dalam program pendidikan mereka. Ketiga, beberapa ilmuwan terbesar dan paling berpengaruh pada abad ketujuh belas adalah penganut Katolik. Galileo, Mersenne, Gassendi, dan Descartes semuanya memainkan peran menonjol dalam mekanisasi alam (Brooke, 2010, hlm. 12).

The combination of the Galileo story with evidence for a Protestant stimulus to science can easily give the impression that the Catholic Church was generally hostile to scientific innovation. This impression would be false on at least three counts. First, the Church had played a crucial role in the patronage of the sciences… Second, the Jesuit order within the Church contained outstanding astronomers, mathematicians, and physicists who were also committed to teaching the sciences in their educational programs. Third, some of the greatest and most influential scientists of the seventeenth century were Catholics. Galileo, Mersenne, Gassendi, and Descartes all played prominent roles in the mechanization of nature (Brooke, 2010, p.12).

Dampak Protestantisme (dan khususnya Puritanisme) telah menjadi objek kajian sosiologis yang signifikan. Salah satu studi oleh Robert Merton sangat bergantung pada data dari Dictionary of National Biography, dan meneliti informasi dari 29.120 biografi tokoh terkemuka pada abad ketujuh belas (di antara kumpulan data penting lainnya), dengan kesimpulan bahwa Puritanisme (yang bagi Merton mendorong semacam utilitarianisme teologis) memberikan dorongan bagi penemuan ilmiah.

The impact of Protestantism (and Puritanism in particular) has been one of significant sociological study. One study by Robert Merton was highly dependent on data from the Dictionary of National Biography, and examined information from 29,120 biographies of notable figures in the seventeenth century (among other important data sets) concluding that Puritanism (which, to Merton, encouraged a kind of theological utilitarianism) provided an impetus for scientific discovery.

Dengan demikian, Merton menyatakan:

Accordingly, Merton states:

Dengan cara langsung ini, agama yang mengesahkan ilmu pengetahuan meningkatkan penghargaan sosial terhadap mereka yang menekuni penyelidikan ilmiah, beserta intensifikasi dan penyebaran minat terhadap kegiatan semacam itu (Merton, 2002, hlm. 431).

In this direct fashion, religion sanctioned science raising the social estimation of those who pursued scientific investigation, with the associated intensification and spread of interest in such pursuits (Merton, 2002, p.431).

Merton membedakan sikap Protestan dari sikap Katolik dengan menyatakan bahwa:

Merton distinguishes the Protestant attitude from the Catholic one by claiming:

Perbandingan antara akademi-akademi Puritan di Inggris dan perkembangan pendidikan Protestan di daratan Eropa ini memang beralasan. Akademi-akademi Protestan di Prancis memberikan perhatian jauh lebih besar pada mata pelajaran ilmiah dan praktis dibandingkan lembaga-lembaga Katolik (Merton, 2002, hlm. 478-9).

This comparison of the Puritan academies in England and Protestant educational developments on the Continent is well warranted. The Protestant academies in France devoted much more attention to scientific and utilitarian subjects than did the Catholic institutions (Merton, 2002, p.478-9).

Merton membahas faktor-faktor lain yang turut meningkatkan minat terhadap ilmu pengetahuan, termasuk faktor militer; terutama minat baru terhadap persenjataan balistik (Merton, 2002, hlm. 543).

Merton discusses other contributory factors to the increased interest in science, including military factors; especially new interest in ballistic weaponry (Merton, 2002, p.543).

Akibatnya, orang menyadari adanya kemiripan antara tesis Merton dan teori Max Weber dalam *The Protestant Ethic and the Spirit of Capitalism* (2013). Pada kenyataannya, banyak argumen yang digunakan untuk menentang tesis Weber juga dapat digunakan untuk menentang tesis Merton, yang dapat mencakup ketidakmampuan Merton maupun Weber dalam menjelaskan bangsa-bangsa lain (terutama Jepang) yang mengalami kapitalisme sekaligus kemajuan teknologi tanpa Protestantisme sebagai katalisator. Seseorang dapat memberikan penjelasan alternatif bagi Protestantisme melalui utilitarianisme non-religius (mungkin dalam rumusan Lockean atau Hobbesian), sebagaimana juga direnungkan oleh Merton (Merton, 2002, hlm. 589). Secara keseluruhan, sulit untuk menunjuk Protestantisme atau Puritanisme sebagai faktor yang menentukan dalam kemajuan ilmu pengetahuan, sejauh sulit pula untuk menyalahkan Protestantisme (atau Katolisisme) sebagai pihak yang secara umum menghambat ilmu pengetahuan. Kaum Ateis Baru sering menjadikan Darwin sebagai titik balik. Namun tidak ada bukti bahwa Darwin meninggalkan Kekristenan karena teorinya tentang seleksi alam. Berkaitan dengan hal ini, James Moore menyatakan:

Consequently, one realises the similarity between the Merton thesis and Max Weber’s theory in the Protestant Ethic and the Spirit of Capitalism (2013). In reality, many of the arguments used against Weber’s thesis may also be used against Merton’s which may include either Merton or Weber’s inability to account for other nations (most notably Japan) which underwent both capitalism and technological advancement without Protestantism as a catalyst. One may provide an alternative explanation to Protestantism through non-religious utilitarianism (perhaps a Lockian or Hobbesian formulation), as was contemplated by Merton (Merton, 2002, p.589). Overall, it is difficult to pin-point Protestantism or Puritanism as a decisive factor in scientific progress inasmuch as it would be difficult to blame it (or Catholicism) for generally inhibiting science. New Atheists often invoke Darwin as the turning point. There is no evidence, however, that Darwin apostatised from Christianity because of his theory of natural selection. On this point, James Moore claims:

Kesaksiannya sendiri jarang diindahkan: "Saya tidak pernah meninggalkan Kekristenan sampai saya berusia empat puluh tahun." Darwin genap berusia empat puluh tahun pada 1849, jauh setelah ia mengembangkan teorinya tentang evolusi melalui seleksi alam (Moore, 2010, hlm. 143), dan Brooke sependapat bahwa:

His own testimony is seldom heeded: “I never gave up Christianity until I was forty years of age.” Darwin turned forty in 1849, long after developing his theory of evolution by natural selection (Moore, 2010, p.143) and Brooke agrees that:

Alasan utama yang diberikan Darwin atas ketidakpercayaannya tidak berasal dari peran yang ia berikan kepada sebab-sebab alamiah dalam menjelaskan asal-usul spesies. Seperti para pemikir Victoria lainnya, Darwin menentang keras khotbah Kristen evangelis tentang surga dan neraka (Brooke, 2010, hlm. 228).

The main reasons Darwin gave for his unbelief derived not from the role he gave natural causes in explaining the origin of species. Like other Victorian thinkers, Darwin reacted strongly against evangelical Christian preaching on heaven and hell (Brooke, 2010, p.228).

*Origin of Species* diterbitkan pada tahun 1859, pada masa pasca-Tanzimat Utsmani ketika sebagian besar dunia Muslim berada di bawah penjajahan. Oleh karena itu, sulit untuk menilai tanggapan negara-negara Muslim terhadap Darwinisme. Meski demikian, jelas bahwa konflik penafsiran (tafsir) telah terjadi (dan terus berlanjut)

Origin of Species was published in 1859 during the post-Tanzimaat Ottoman period when most of the Muslim world was colonised. Accordingly, it is difficult to assess a Muslim state response to Darwinism. Nevertheless, it is clear that exegetical conflict did (and continues to)

...setidaknya dalam aspek evolusi manusia, serupa dengan dunia Kristen. Oleh karena itu, model konflik antara seluruh ‘sains’ dan seluruh ‘agama’ (dengan hanya mempertimbangkan dua agama yang disebutkan) sekadar tidak berdasar secara historis.

feature at least on the aspect of human evolution, similar to the Christian world. Therefore, models of conflict between all of ‘science’ and all of ‘religion’ (considering only two religions are mentioned) are simply ahistorical.