In de praktijk kunnen religieuze leiders uit de moslim- en christelijke gemeenschappen het voordelig vinden voor de zaak van sociale en culturele vorming om tegenvragen te stellen aan de leden van de gemeente of aan religieuze volgelingen. Bovendien kunnen zij de corrosieve effecten van de desinformatie van het Nieuw-Atheïsme op historische narratieven beperken door onderzoek te doen naar dit gebied. Een dergelijke tegenvraag wordt geïllustreerd door de vraag of het discours van het Nieuw-Atheïsme op zichzelf belemmerend werkt voor de wetenschap. Een ander voorbeeld is de groep Third Way of Evolution, die honderden wetenschappen omvat die bestaan uit niet-normatieve evolutionaire ideeën die de moderne Neo-Darwinistische synthese ondermijnen (zie de website van Third Way of Evolution). In de rationale op de website staat dat het neo-darwinisme:

Realistically, religious leaders from Muslim and Christian communities may find it advantageous for the cause of social and cultural edification to propose counter-questions to congregation members or religious followers. Moreover, they may limit the corrosive impacts of New Atheist misinformation on historical narratives by conducting research into this area. Such a counter question is exemplified by asking whether New Atheist discourse is itself inhibiting to science. Another example is the Third Way of Evolution group which has hundreds of sciences consisting of non-normative evolutionary ideas which undermine the modern Neo-Darwinian synthesis (see Third Way of Evolution Website). On the website rationale, it states that neo Darwinism:

Het is duidelijk naturalistische wetenschap, maar het negeert veel hedendaags moleculair bewijs en roept een reeks ononderbouwde aannames op over het toevallige karakter van erfelijke variatie. Het Neo-Darwinisme negeert belangrijke snelle evolutionaire processen zoals symbiogenese, horizontale DNA-overdracht, de werking van mobiel DNA en epigenetische modificaties. Bovendien hebben sommige Neo-Darwinisten Natuurlijke Selectie verheven tot een unieke scheppende kracht die alle moeilijke evolutionaire problemen oplost zonder een reële empirische basis (The Third Way of Evolution, 2016).

Is clearly naturalistic science but ignores much contemporary molecular evidence and invokes a set of unsupported assumptions about the accidental nature of hereditary variation. NeoDarwinism ignores important rapid evolutionary processes such as symbiogenesis, horizontal DNA transfer, action of mobile DNA and epigenetic modifications. Moreover, some NeoDarwinists have elevated Natural Selection into a unique creative force that solves all the difficult evolutionary problems without a real empirical basis (The Third Way of Evolution, 2016).

Inderdaad, een van de medeoprichters van de organisatie, Dr. Denis Noble, is het met Dawkins oneens over het idee van het 'Selfish Gene', maar is terughoudend om Dawkins over dit onderwerp tegen te spreken (Crace, 2008). Bepaalde wetenschappelijke leden van de Third Way kunnen worden geïnterpreteerd als zij die het Darwiniaanse evolutionaire mechanisme geheel verwerpen. Dit is waar te nemen bij het voorstel van Eugene Koonin voor een 'biologische Big Bang', die veronderstelt dat 'de belangrijkste typen nieuwe vormen onafhankelijk ontstaan, via een steekproefproces, uit de pool van recombinerende entiteiten van de voorgaande generatie' (Koonin, 2007, p.1). Hieruit stelt Dr. David Berlinsky in zijn polemische werk tegen Dawkins: 'Belangrijke overgangen in de biologische evolutie,' schrijft Koonin:

Indeed, one of the organisation’s co-founders, Dr. Denis Noble, disagrees with Dawkins on the Selfish Gene idea but is reluctant to dispute Dawkins on the issue (Crace, 2008). Certain Third Way scientific members may be interpreted as rejecting the Darwinian evolutionary mechanism altogether. This is observed with Eugene Koonin’s proposal of a ‘biological Big Bang’ that supposes ‘the major types of new forms emerge independently, via a sampling process, from the pool of recombining entities of the preceding generation’ (Koonin, 2007, p.1). From this Dr. David Berlinsky in his polemical work against Dawkins states, ‘Major transitions in biological evolution,’ Koonin writes:

Dit zijn precies de overgangen die de theorie van Darwin beoogde te verklaren. Als die "grote overgangen" een "plotselinge opkomst van nieuwe vormen" vertegenwoordigen, dan is de voor de hand liggende conclusie niet dat de natuur pervers is, maar dat Darwin ongelijk had (Berlinksy, 2009:192).

These are precisely the transitions that Darwin’s theory was intended to explain. If those “major transitions” represent a “sudden emergence of new forms,” the obvious conclusion to draw is not that nature is perverse but that Darwin was wrong (Berlinksy, 2009:192).

Een breed scala aan biologen – die methodologisch naturalistische formuleringen hanteren – en andere specialisten zijn het oneens met aspecten van de Darwiniaanse theorie, maar dit wordt over het hoofd gezien door dogmatische nieuwe atheïsten zoals Daniel Dennett, die voorstelt dat Darwin's theorie 'boven alle redelijke twijfel uitstijgt' (Dennett, 1995, p.11). Theoretisch gezien is wetenschap gebaseerd op inductie en kan zij daarom nooit onfeilbaar zijn, zoals Dennett in andere contexten aangeeft, waarbij hij stelt: 'Let op dat het argument vanuit ontwerp afhankelijk is van een inductieve gevolgtrekking: waar rook is, is vuur; en waar ontwerp is, is een geest' (Dennett, 1995, p.30). Dennett zou de woorden 'argumenten vanuit ontwerp' kunnen vervangen door 'het gehele Darwiniaanse onderneming' en daarmee effectief zijn eigen eerdere postulaat weerleggen. Wetenschappelijk dogma kan worden gedefinieerd als meer belemmerend voor wetenschappelijke vooruitgang dan religie, aangezien er geen sprake is van overlappende magisteria.

A wide array of biologists – who communicate methodologically naturalistic articulations - and other specialists disagree with aspects of Darwinian theory, but this is glossed over by dogmatic New Atheists like Daniel Dennett who proposes that Darwin’s theory is ‘beyond all reasonable doubt’ (Dennett, 1995, p.11). Theoretically, science is based on induction and can, therefore, never be incorrigible as indicated by Dennett in other contexts, stating ‘Note that the Argument from Design depends on an inductive inference: where there's smoke, there's fire; and where there's design, there's mind’ (Dennett, 1995, p.30). Dennett may substitute the words ‘arguments from design’ to ‘the entire Darwinian enterprise’ and effectively refute his own previous postulation. Scientific dogma may be defined as more inhibiting to scientific advancement than religion as there is no question of overlapping magisteria.