নাস্তিক যারা বিশ্বাস করেন যে বিজ্ঞান নাস্তিকতার দিকে নিয়ে যায়, তারা দার্শনিক প্রকৃতিবাদের একটি অবৈজ্ঞানিক অনুমান ধারণ করেন। দার্শনিক প্রকৃতিবাদ সেই "চশমার কাচ" তৈরি করে যা দিয়ে মানুষ পৃথিবীকে দেখে বোঝে। তুমি যদি হলুদ রঙের চশমা পরো, তুমি কোন রঙ দেখবে? হলুদ। একইভাবে, তুমি যদি দার্শনিক প্রকৃতিবাদের চশমা পরো, তুমি কেবল এমন একটি মহাবিশ্ব দেখবে যেখানে আল্লাহ নেই। দার্শনিক প্রকৃতিবাদ মানুষের জগৎ দেখার পদ্ধতিকে আকার দেয়। দার্শনিক প্রকৃতিবাদ আসলে একটি বিশ্বাস মাত্র। নাস্তিক অধ্যাপক মাইকেল রুজ এই সত্য স্বীকার করেছেন: "যদি তুমি একটি স্বীকারোক্তি চাও, আমি সবসময় বলেছি যে প্রকৃতিবাদ একটি বিশ্বাসের কাজ…."
এটি কেন একটি বিশ্বাস? কারণ প্রকৃতিবাদ অসংগত, কেননা এটি অন্ধভাবে বিশ্বাস করে যে সবকিছু ভৌত প্রক্রিয়ার মাধ্যমে ব্যাখ্যা করা সম্ভব, যদিও বেশ কিছু অবাধ্য সত্য রয়েছে; অর্থাৎ এমন সত্য যা কোনো তত্ত্বের সঙ্গে মেলে না।{357} উদাহরণস্বরূপ, ধরো আমরা আজ ছয়টায় একটি রেস্তোরাঁয় মিলিত হলাম, আর পরদিন পুলিশ আমার বাড়িতে এসে আমাকে কারও হত্যার সন্দেহে গ্রেপ্তার করল, অথচ খুনের সময়েই আমরা একসঙ্গে রাতের খাবার খাচ্ছিলাম। এখানে অবাধ্য সত্যটি হলো, খুনের সময় আমি তোমার সঙ্গে খাবার খাচ্ছিলাম। আমার প্রমাণিত অবস্থান পুলিশের সন্দেহের বিপরীতে দাঁড়ায়। তুমি হয়তো ভাবছ, এই অবাধ্য সত্যগুলো কী যা দার্শনিক প্রকৃতিবাদকে অসংগত প্রমাণ করে? এর উত্তর হলো, আগের অনেক অধ্যায়ই একটি ভালো সূচনাবিন্দু। দার্শনিক প্রকৃতিবাদ চেতনার কঠিন সমস্যা (অধ্যায় ৭ দেখো) যথাযথভাবে ব্যাখ্যা করতে পারে না; মহাবিশ্বের সসীমতা ও নির্ভরশীলতা (অধ্যায় ৫ ও ৬ দেখো); আইনসমূহের সূক্ষ্ম সমন্বয় ও মহাবিশ্বের শৃঙ্খলা (অধ্যায় ৮ দেখো); বস্তুনিষ্ঠ নৈতিকতার অস্তিত্ব (অধ্যায় ৯ দেখো) এবং আরও অনেক কিছু। এসব বিবেচনায় কেউ কেন এমন একটি দর্শনকে অন্ধভাবে গ্রহণ করবে, যা বাস্তবতাকে নিজের কথা বলতে দেয় না? অনেক নাস্তিকের মধ্যেই এই প্রকৃতিবাদী পূর্বানুমান রয়েছে। তাই আশ্চর্যের কিছু নেই যে তারা আস্তিকতার যুক্তিগুলোর সিদ্ধান্তকে বাতিল করে দেয়। সাধারণত তারা ভালো যুক্তিও প্রত্যাখ্যান করে, কারণ তারা এই ভুল ধারণায় অন্ধ যে সবকিছুই অবশ্যই ভৌত প্রক্রিয়া দিয়ে ব্যাখ্যা করতে হবে এবং অতিপ্রাকৃত ব্যাখ্যা তারা কখনোই বিবেচনায় নিতে পারে না। তবে পদ্ধতিগত প্রকৃতিবাদ (methodological naturalism) আস্তিকতার, বিশেষত ইসলামি আস্তিকতার জন্য কোনো সমস্যা নয়। কারণ ইসলামি ঐতিহ্য মেনে নেয় যে সমগ্র বিশ্বজগৎ ভৌত কারণসমূহ দিয়ে গঠিত, এবং এই কারণসমূহ ঐশ্বরিক ইচ্ছার প্রকাশ। তবে কিছু নাস্তিক পদ্ধতিগত প্রকৃতিবাদকে দার্শনিক প্রকৃতিবাদের সঙ্গে গুলিয়ে ফেলে। কিন্তু বৈজ্ঞানিক সিদ্ধান্ত ও তত্ত্ব যদি God-এর ক্ষমতা ও সৃজনশীলতার উল্লেখ করতে না পারে (পদ্ধতিগত প্রকৃতিবাদ), তাহলে এর থেকে এটা প্রমাণ হয় না যে God নেই (দার্শনিক প্রকৃতিবাদ)। বিবর্তনীয় জীববিজ্ঞানী Scott C. Todd যেমন বলেছেন, "একজন বিজ্ঞানী, একজন ব্যক্তি হিসেবে, প্রকৃতিবাদকে অতিক্রম করে এমন একটি বাস্তবতাকে গ্রহণ করতে স্বাধীন।"358
Atheists who believe that science leads to atheism hold the non-scientific assumption of philosophical naturalism. Philosophical naturalism forms the ‘lenses’ that are put on one’s eyes to understand the world. If you wore some yellow tinted glasses, what colour are you going to see? Yellow. Similarly, if you put on the lenses of philosophical naturalism, all you will see is a universe without God. Philosophical naturalism shapes the way one sees the world. Philosophical naturalism is simply a faith. The atheist Professor Michael Ruse admits this fact: “If you want a concession, I’ve always said that naturalism is an act of faith….” 356 Why is it a faith? Well, naturalism is incoherent, as it blindly believes that everything can be explained via physical processes, despite a number of recalcitrant facts; in other words, facts that resist a theory.357 For example, we both meet today at a restaurant at six o’clock, and the following day the police come to my house to arrest me on suspicion of murdering someone at the same time we were having dinner. The recalcitrant fact would be that I was with you eating at the time of the murder. My proven whereabouts resist the police’s suspicions that I committed the murder. You may be wondering, what are these recalcitrant facts that render philosophical naturalism as incoherent? Well, many of the previous chapters are a good starting point. Philosophical naturalism cannot adequately explain the hard problem of consciousness (see Chapter 7), the finitude and dependency of the universe (see Chapters 5 and 6), the fine-tuning of the laws and the order in the universe (see Chapter 8), the existence of objective morals (see Chapter 9) and much more. In light of this, why would anyone blindly adopt such a philosophy, which prevents one from allowing reality to speak for itself? Many atheists have such naturalistic presuppositions. Therefore, it is not surprising that they dismiss the conclusions of theistic arguments. Usually they reject good arguments, because they are blinded with the false assumption that everything has to be explained by physical processes and that they can never entertain supernatural explanations. Methodological naturalism however is not a problem for theism, especially Islamic theism. Methodological naturalism is not a problem for Islamic theism because the Islamic tradition accepts that the whole universe is made up of physical causes and these causes are a manifestation of the Divine will. Some atheists, however, conflate methodological naturalism with philosophical naturalism. Just because scientific conclusions and theories cannot refer to God’s power and creativity (methodological naturalism), it doesn’t follow that God doesn’t exist (philosophical naturalism). As evolutionary biologist Scott C. Todd said, “the scientist, as an individual, is free to embrace a reality that transcends naturalism”358.