تصور کن وارد کاخی شگفت‌انگیز شده‌ای. هنگام قدم زدن در راهرو، از بزرگی بنا شگفت‌زده می‌شوی و تصمیم می‌گیری با باز کردن نزدیک‌ترین در، کاخ را بگردی. وقتی وارد اتاق می‌شوی، صدها صندلی و میز را می‌بینی که مانند کلاس درس چیده شده‌اند. ناگهان هر انگیزه‌ای برای کاوش در اتاق‌های دیگر را از دست می‌دهی. تصمیم می‌گیری کاخ را ترک کنی و به سوی کافی‌شاپی محلی بروی تا با دوستت دیدار کنی. هنگام نوشیدن قهوه با دوستت، او از تو می‌پرسد: «خب در کاخ چه دیدی؟» پاسخ می‌دهی: «فقط اتاقی پر از میز و صندلی که مثل کلاس درس چیده شده بودند.» دوستت سپس می‌پرسد: «چرا اتاق‌های دیگر را ندیدی؟» پاسخ می‌دهی: «فایده‌ای نداشت، چیزی برای دیدن نبود. اگر این اتاق پر از صندلی و میز بود، اتاق‌های دیگر هم چیزی در خود نخواهند داشت.» آیا پاسخ تو منطقی است؟ آیا از این که در یک اتاق چیزی هست، به‌طور منطقی نتیجه می‌شود که در اتاق‌های دیگر چیزی نیست؟ به‌یقین چنین نیست. کسانی که ادعا می‌کنند علم وجود خدا را رد کرده است، منطقی مشابه دارند. علم تنها بر آنچه مشاهده‌پذیر است تمرکز می‌کند. اما خدا، بنا بر تعریف، موجودی است که بیرون از جهان مادی قرار دارد. بنابراین مشاهده مستقیم او ناممکن است. با این حال، ممکن است یک ملحد استدلال کند که مشاهده غیرمستقیم می‌تواند وجود خدا را تأیید یا نفی کند. این درست نیست. هر شکلی از مشاهده غیرمستقیم هرگز نمی‌تواند وجود خدا را نفی کند، زیرا این همانند آن است که بگوییم یک پدیده مشاهده‌شده می‌تواند پدیده مشاهده‌نشده‌ای را نفی کند. این همان منطقِ مثال کاخ است. این که علم به الحاد نمی‌انجامد، از سوی اکثر فیلسوفان علم تأیید شده است. برای نمونه، هیو گاچ به‌درستی نتیجه می‌گیرد که اصرار بر این‌که «علم از الحاد پشتیبانی می‌کند»، «نمره‌ی بالایی برای اشتیاق، اما نمره‌ی پایینی برای منطق» است.۳۳۵ سخن گاچ کاملاً معقول است، زیرا شیوه‌ی تفکری که بر مشاهده تکیه دارد، نمی‌تواند چیزی را که قابل مشاهده نیست، انکار کند. اما علم می‌تواند در آن موضوع سکوت کند یا شواهدی فراهم آورد که فیلسوفان بتوانند از آن برای صورت‌بندی یک استدلال فلسفی بر وجود خدا بهره ببرند. با این حال، استدلال‌هایی وجود دارد که از شواهد علمی استفاده می‌کنند و به این نتیجه می‌رسند که وجود خدا بعید است. این‌ها به «استدلال‌های شاهدمحور» معروف‌اند؛ ماهیتی فلسفی دارند و نتیجه‌گیری‌های علمی به شمار نمی‌آیند.