খিলাফত-প্রধান হলেন সেনাবাহিনীর নেতা, এবং তিনিই প্রধান স্টাফ (Chief of Staff) নিযুক্ত করেন, প্রতিটি ব্রিগেডে একজন আমির এবং প্রতিটি ডিভিশনে একজন কমান্ডার নিয়োগ দেন। সেনাবাহিনীর অন্যান্য পদে নিয়োগ ব্রিগেড-কমান্ডারদের দ্বারা হয়। স্টাফে কাউকে নিয়োগ দিতে হলে তা তার সামরিক যোগ্যতা অনুযায়ী হতে হবে, এবং তাকে প্রধান স্টাফ নিয়োগ করেন।

The Khalifah is the leader of the army and he is the one who appoints the Chief of Staff and an Amir to every brigade, and a commander to every division. In regards to the other posts in the army they are appointed by the commanders of the brigades. In regards to appointing a person to the staff, it has to be according to his military culture and he is appointed by the Chief of Staff. .

এর কারণ হলো, খলীফা হলেন বিশ্বের সকল মুসলিমের সাধারণ নেতৃত্ব, যিনি শরিয়তের বিধান প্রতিষ্ঠা করেন এবং দাওয়াতকে বিশ্বের কাছে পৌঁছে দেন। আর বার্তাকে বিশ্বের কাছে পৌঁছে দেওয়ার উপায় হলো জিহাদ। সুতরাং জিহাদের দায়িত্ব খলীফার উপরই বর্তায়, কারণ খিলাফতের চুক্তি কেবল তাঁর সঙ্গেই সম্পাদিত হয়েছে; তাই তিনি ছাড়া অন্য কারও পক্ষে তা পরিচালনা করা জায়েয নয়। এভাবে খলীফা নিজেই জিহাদের দায়িত্ব গ্রহণ করেন। তিনি ছাড়া অন্য কারও জন্য তা গ্রহণ করা বৈধ নয়, যদিও প্রত্যেক মুসলিমই জিহাদ পালন করে থাকে। অতএব জিহাদ সম্পাদন করা এক বিষয়, আর তার দায়িত্ব বহন করা আরেক বিষয়। জিহাদ প্রত্যেক মুসলিমের উপর একটি কর্তব্য, কিন্তু জিহাদের দায়িত্ব বহন কেবল খলীফার জন্যই।