খলীফা হলেন সেনাবাহিনীর সেনাপ্রধান। তিনি সেনাপ্রধান (Chief of General Staff) নিয়োগ দেন, প্রতিটি ব্রিগেডের জন্য একজন জেনারেল এবং প্রতিটি ডিভিশনের জন্য একজন কমান্ডার নিয়োগ দেন। সেনাবাহিনীর বাকি পদে নিয়োগ দেন ব্রিগেডিয়ার ও কমান্ডাররা। জেনারেল স্টাফে কোনো ব্যক্তির নিয়োগ নির্ভর করে তার সামরিক দক্ষতার স্তরের উপর, এবং এই নিয়োগ সম্পন্ন করেন সেনাপ্রধান।

The Khalifah is the Commander of the Army and he appoints the Chief of General Staff, a general for each brigade, and a commander for every division. The remaining ranks in the Army are appointed by the brigadiers and commanders. The appointment of a person in the General Staff is according to his level of military expertise and is carried out by the Chief of General Staff.

খলীফা হলেন দুনিয়ার সকল মুসলিমের সাধারণ নেতা, যাতে শরী‘আতের বিধান প্রতিষ্ঠিত হয় এবং ইসলামকে বিশ্বের বাকি মানুষের কাছে পৌঁছে দেওয়া যায়। বিশ্বের অন্যান্য মানুষের কাছে ইসলাম পৌঁছে দেওয়ার প্রধান পদ্ধতি হলো জিহাদ, তাই খলীফার উপর তা অবশ্যই পালন করা আবশ্যক, কারণ খিলাফতের চুক্তি তাঁর ব্যক্তিগতভাবে তাঁর উপর বর্তায়, এবং সেজন্য অন্য কারও জন্য তা পালন করা জায়েয নয়। সুতরাং জিহাদের বিষয়ের ব্যবস্থাপনা খলীফার জন্য নির্দিষ্ট, অন্য কারও জন্য তা পরিচালনা করা জায়েয নয়। যদিও প্রত্যেক মুসলিম জিহাদে অংশ নেয়, তবে জিহাদে অংশগ্রহণ করা এবং জিহাদের ব্যবস্থাপনা করা দুটি ভিন্ন বিষয়। জিহাদ প্রত্যেক মুসলিমের উপর ফরয, কিন্তু জিহাদের ব্যবস্থাপনা কেবল খলীফার জন্য, অন্য কারও জন্য নয়। খলীফা তাঁর উপর আরোপিত দায়িত্ব পালনের জন্য কাউকে নিযুক্ত করতে পারেন, যতক্ষণ সে তাঁর পর্যবেক্ষণ ও তত্ত্বাবধানের অধীনে থাকে; কিন্তu তাঁর পর্যবেক্ষণ ও তদারকি ছাড়া তাকে সম্পূর্ণ স্বাধীনতা দেওয়া জায়েয নয়। এখানে খলীফা যে পর্যবেক্ষণ করেন তা সহকারী তাঁকে যেভাবে প্রতিবেদন দেয় সেরকম নয়; বরং যাকে তিনি দায়িত্ব অর্পণ করেছেন সে সরাসরি তাঁর আদেশের অধীনে এবং প্রত্যক্ষ তত্ত্বাবধানে থাকে। সেনাবাহিনীর নেতৃত্ব তিনি যাকে ইচ্ছা দিতে পারেন, তবে শর্ত হলো তারা খলীফার নিয়ন্ত্রণে এবং তাঁর সরাসরি তত্ত্বাবধানে থাকবে। তাঁর প্রত্যক্ষ তদারকি ও নিয়ন্ত্রণ ধরে না রেখে কাউকে নিযুক্ত করা তাঁর জন্য জায়েয নয়, এবং সে তদারকি কেবল নামমাত্র হতে পারবে না। কারণ খিলাফতের চুক্তি তাঁর ব্যক্তিগতভাবে তাঁর উপর বর্তায়, তাই জিহাদের বিষয়াদি পরিচালনা করা তাঁর উপর আবশ্যক। সেই অনুযায়ী, অন্যান্য অ-ইসলামি ব্যবস্থায় যা বলা হয় যে রাষ্ট্রপ্রধানই সেনাবাহিনীর সর্বাধিনায়ক, এবং এই নেতৃত্ব কেবল নামমাত্র, আর সেনাপ্রধান হিসেবে আলাদা একজন স্বাধীন সেনাধিনায়ক নিয়োগ দেওয়া হয়, ইসলামের দৃষ্টিতে তা অবৈধ বলে গণ্য হয়, এবং শরী‘আহ তা অনুমোদন করে না। বরং শরী‘আহ আবশ্যক করে যে খলীফাই হবেন সেনাবাহিনীর প্রকৃত সর্বাধিনায়ক।