خلیفه فرمانده ارتش است و رئیس ستاد کل، یک ژنرال برای هر تیپ، و یک فرمانده برای هر لشکر را منصوب می‌کند. سایر درجات ارتش توسط تیپ‌داران و فرماندهان منصوب می‌شوند. انتصاب فرد در ستاد کل بر اساس سطح تخصص نظامی او صورت می‌گیرد و توسط رئیس ستاد کل انجام می‌شود.

The Khalifah is the Commander of the Army and he appoints the Chief of General Staff, a general for each brigade, and a commander for every division. The remaining ranks in the Army are appointed by the brigadiers and commanders. The appointment of a person in the General Staff is according to his level of military expertise and is carried out by the Chief of General Staff.

خلیفه رهبر عمومی همه مسلمانان در این دنیاست، تا احکام شریعت را برپا دارد و اسلام را به سایر مردم برساند. روش اصلی رساندن اسلام به جهان، جهاد است؛ از این رو بر او لازم است که شخصاً جهاد را بر عهده گیرد، زیرا عقد خلافت بر دوش خود اوست و بنابراین برای هیچ کس دیگری جایز نیست که آن را بر عهده گیرد. بر این اساس، مدیریت امر جهاد ویژه خلیفه است و برای هیچ کس دیگری جایز نیست که آن را بر عهده گیرد. با آنکه هر مسلمانی جهاد را انجام می‌دهد، اما انجام دادن جهاد و مدیریت جهاد دو چیز متفاوت است. جهاد بر هر مسلمانی واجب است، اما مدیریت جهاد تنها برای خلیفه است و نه برای کس دیگر. خلیفه می‌تواند کسی را تعیین کند تا از جانب او آنچه را که بر او واجب شده است انجام دهد، به شرط آنکه آن شخص زیر نظر و مراقبت او باشد؛ و جایز نیست که به او استقلال کامل داده شود بدون آنکه خلیفه بر او نظارت و مراقبت داشته باشد. نظارتی که خلیفه در این‌جا اعمال می‌کند، مانند گزارش‌دهی‌ای که دستیار به او می‌دهد نیست؛ بلکه کسی که او را نمایندگی داده است، مستقیماً زیر فرمان و نظارت مستقیم خلیفه باقی می‌ماند. رهبری ارتش می‌تواند به هر کس که خلیفه بخواهد داده شود، به شرط آنکه آن فرد تحت کنترل خلیفه و نظارت مستقیم او باشد. جایز نیست که او کسی را تعیین کند بدون آنکه نظارت و کنترل مستقیم بر او را حفظ کند، و این نظارت نباید صرفاً نمادین باشد. این به خاطر آن است که عقد خلافت بر عهده خود اوست و از این رو بر او واجب است که امور جهاد را مدیریت کند. بر این اساس، آنچه در دیگر نظام‌های غیراسلامی گفته می‌شود که رئیس دولت فرمانده کل قوا است و این رهبری صرفاً نمادین است، در حالی که فرمانده مستقل دیگری به عنوان رئیس ستاد ارتش منصوب می‌شود، از دیدگاه اسلام باطل شمرده می‌شود و شریعت آن را نمی‌پذیرد. بلکه شریعت الزام می‌کند که خلیفه، فرمانده عملی ارتش باشد.